В Кёльне Альберт читал лекции. Приблизительно в 1246 году английский епископ Роберт Гроссетест в первый раз перевёл все десять книг «Этики» Аристотеля. Альберт решил ознакомить своих слушателей с понравившимся ему произведением. Читать лекции по философии язычников в доминиканском теологическом центре было рискованным занятием. Естественно, Альберта упрекали в пренебрежении «божественным». Читай он эти лекции в Париже, дело не ограничилось бы упрёками. Если мирским студентам изучать Аристотеля разрешали хотя бы частным образом, то для членов ордена действовали дополнительные запреты. Чтобы взять в руки книгу по философии, необходимо было получить специальное позволение главного настоятеля ордена. Только в 1254 году, когда главным настоятелем ордена стал Гумберт Романский, братьям-проповедникам разрешили открывать книги иноверцев. Как до этого времени Альберт постигал философию Аристотеля, нам не ведомо. Возможно, он получил специальное разрешение.
В 1254 году Альберта Великого избрали главным доминиканцем Германии. Его официальный титул – провинциал Тевтонии. В его обязанности входили организация доминиканских монастырей в своей провинции и чтение лекций в разных городах. Альберт всегда путешествовал пешком, езда на лошадях была запрещена орденом. Он не брал с собой денег, и считалось, что просил подаяния (скорее всего, он жил на пожертвования ордену). После того как истёк срок его полномочий и в 1258 году на всеобщем собрании избрали нового провинциала Тевтонии, Альберт вернулся в Кёльн.
Главный настоятель ордена Гумберт Романский считал целью деятельности доминиканцев указать пастве путь к спасению через проповедь. Интеллектуальное любопытство он находил не более чем сатанинским тщеславием. Гумберт Романский усиленно боролся с изучением философии ради неё самой. Однако именно при нём была составлена программа образования доминиканцев, благодаря которой доминиканцы на некоторое время оказались на переднем фланге просвещения. Гумберт Романский действовал под девизом «Изучай врага, чтобы защитить веру во всеоружии». К составлению учебной программы он привлёк пять самых выдающихся теологов ордена своего времени: Альберта Великого, Фому Аквинского, Петра из Тарантеза, Бономе Брито и Флорена из Гездина. (Петр из Тарантеза позднее стал Иннокентием V, первым из доминиканцев, избранных папой.) В 1259 году пять теологов представили общему собранию свои рекомендации по принципам обучения в доминиканских школах. Философию разрешили изучать монахам, имеющим к ней склонность, и при тщательном наблюдении за процессом обучения вышестоящими членами ордена. При каждом доминиканском монастыре состоял лектор. Все братья-доминиканцы независимо от ранга должны слушать лекции. Была введена должность тьютора, в чьи обязанности входило следить за тем, как усваивается пройденный материал каждым из учеников. Тьюторская система, сохранившаяся до наших дней в отдельных европейских университетах, когда-то родилась в доминиканских монастырях. Кроме школ при монастырях в каждой провинции были высшие школы (
Альберт вновь вернулся к чтению лекций в Кёльне осенью 1259 года, но уже в январе 1260 года он получил письмо от папы Александра IV с назначением его епископом немецкого города Регенсбурга.
Гумберт Романский написал Альберту письмо, в котором умолял не принимать должность. Глава ордена говорил, что это будет плохой прецедент для ордена и даже бесчестие. Причина столь резкого заявления не совсем ясна. Возможно, главный доминиканец противился «утечке кадров». Альберт не был первым, кому было предложено стать епископом.
Как бы Альберт ни относился к просьбе настоятеля доминиканского ордена, выбора у него не было, так как назначение исходило от папы римского. Сам Гумберт Романский сумел отказаться и от епископства, и от предложенной ему должности патриарха Иерусалима, вероятно, используя своё высокое положение в ордене.
Альберт Великий был освобождён от обета бедности и подчинения ордену как главой ордена, так и папой римским, дабы он мог исполнять обязанности епископа.
В течение года Альберт приводил в порядок дела и проводил реформы во вверенной ему епархии. Он прекрасно справился с административными и финансовыми делами, что несколько неожиданно для учёного-книжника. Но с чем не справился Альберт Великий, так это с начавшими циркулировать в Регенсбурге слухами. Поводом, естественно, послужили научные занятия и чтение языческих и мусульманских книг. Альберта Великого обвиняли в некромантии, общении с духами, и ещё много в чём.