Но не только на этот маршрут постоянно не хватало опытных матросов. На протяжении XVII и большей части XVIII в. немногочисленный португальский флот, который к тому же испытывал дефицит в опытных моряках, так и не смог очистить надолго от пиратов свои территориальные воды. В 1673 и снова в 1676 г. монархия попыталась восполнить недостаток моряков, призвав на службу 300 опытных моряков в Лиссабоне, которые составляли резерв на случай непредвиденных обстоятельств. Этим морякам были предоставлены привилегии, такие как освобождение их самих и их сыновей от военной службы и от постоя солдат, уменьшение налогов и разрешение носить личное оружие. В случае их смерти в бою вдовы этих моряков освобождались от уплаты всех долгов своих покойных мужей и получали щедрое денежное пособие (но не пенсию). Эта простая схема, как представляется, не сильно помогла. Иностранные путешественники сообщали, что в экипажи военных португальских кораблей, как в Азии, так и в Бразилии, входили люди многих национальностей. Так, ост-индские корабли, плывшие на родину, имели в команде много негров-рабов, о чем сообщал вице-король Индии в 1738 г.
«Вся команда, набранная в Гоа, включая офицеров, матросов, канониров и юнг, едва ли состоит (исключая больных) из 120 человек; это как раз то число, которое необходимо для управления кораблем. Особенно во время муссона, когда на берегу можно встретить лишь небольшое число кафров из Мозамбика, так что пополнить ими палубную команду, чтобы выполнять черновую работу, представляется невозможным».
Вице-король не преувеличивал. Он мог бы рассказать о случае с кораблем «.
Суда, направлявшиеся в Гоа, везли в основном солдат и серебряные монеты (испанские, мексиканские и перуанские реалы), медь, свинец и другие металлы, различные европейские товары невысокого качества. Суда не были загружены полностью, часть балласта представляли бочки для воды и вина, запасы которых были рассчитаны на 600–800 человек, находившихся на борту. В обратный путь они отправлялись с громоздкими грузами перца, пряностей, селитры, индиго, леса твердых пород, мебели, китайского фарфора, шелка и индийского хлопка. Трюмы были заполнены полностью перцем, пряностями и селитрой; другие товары загромождали палубу, так что невозможно было пройти от кормы до носа, с трудом перелезая через груды товаров. Грузы в ящиках, тюках и корзинах также вывешивали на тросах с внешней стороны судна или крепили их к выступавшим за борт доскам. Перегружать судно и неправильно размещать груз в трюме категорически запрещалось существовавшими правилами
Многие офицеры и матросы продавали места на палубе и в каютах тем пассажирам, кто предлагал наибольшую цену, и здесь же они могли держать свое личное имущество. Португальцы называли подобные места «пристанищем». Офицерам и матросам разрешалось также иметь так называемые caixas de liberdade (дословный перевод «ящик свободы»), то есть ящики стандартных размеров, в которых они везли домой товары, приобретенные ими в Азии. Пошлина за них была небольшой или даже совсем не взималась. Правила, регулировавшие это «частное предпринимательство», как в британской Ост-Индской компании была названа подобная практика, менялись с течением времени, и они зависели от социального положения человека. Эти привилегии объяснялись тем фактом, что королевские власти не могли или не хотели платить морякам причитавшееся им жалованье и таким образом пытались его компенсировать. Те, кто поддерживал эту практику, аргументировали ее необходимость тем, что у матросов, являвшихся владельцами части груза, появлялся кровный интерес его защищать в случае нападения пиратов. Это, конечно, влекло за собой значительные злоупотребления также и в ост-индских компаниях Голландии, Франции и Англии.