В XVII и XVIII вв. миссиям патроната в Восточной Африке, казалось, ничто не угрожало, за исключением Абиссинии (Эфиопии), откуда иезуиты были изгнаны (или умерли мучениками) в 1632–1638 гг. С этого времени страна закрыла свои границы для европейцев, как это произошло и в Японии при сёгунах Токугава. На другой стороне Африканского континента короли-христиане старого королевства Конго, где прежде действовала образцовая португальская миссия, в XVII в. настойчиво стали просить папский престол передать их в церковную юрисдикцию непосредственно Рима, выведя их из португальского патроната. Они не были в этом успешны. Власть епископа Луанды (именно сюда в 1676 г. официально была переведена кафедра Сан-Салвадор в Конго), который на расстоянии осуществлял свое управление, полностью прекратила в тот период свое существование вследствие полнейшей анархии, в которую вновь погрузилось королевство банту. Итальянские капуцины, направленные Конгрегацией пропаганды веры для служения в Конго и Анголе, принесли клятву верности патронату в 1649 г. По всеобщему мнению, они были наиболее успешными в своей деятельности на протяжении более века. Но их смертность от тропической лихорадки была невероятно высока. К 1800 г. только двое из них остались в живых, и их столь длительное время процветавшая миссия практически закончила свое существование. Все хорошее, чего они достигли, осталось в наследство тем, ради кого они трудились. Путешественники, посещавшие Африку в середине XIX в., стали свидетелями «любви и преклонения перед этими людьми со стороны всего негритянского населения, сохранившего о них благодарную память». Конгрегация пропаганды веры с 1648 г. по 1730 г. отправляла также испанских и итальянских капуцинов для создания миссий в Бенине, Варри и в Нижней Гвинее (современная Нигерия), вначале просто игнорируя заявления португальского патроната, но затем делая это в сотрудничестве и с согласия португальской монархии. Успех миссий был недолгим, причиной чего отчасти была высокая смертность среди миссионеров, а отчасти и их неумение и даже нежелание глубже познакомиться с религиозными воззрениями тех, кого они собирались обратить в христианство.
Церковная юрисдикция патроната никогда решительно не оспаривалась в Португальской (Верхней) Гвинее или на островах Кабо-Верде (Зеленого Мыса) и еще меньше в Португальской Америке. Насколько был готов король Жуан V, которого рассматривают обычно как наиболее уступчивого требованиям Святого престола, отстаивать свои права патрона Бразилии, показывает его категорический отказ различным монашеским орденам иметь своих представителей в Минас-Жерайсе. Первоначально подобная политика объяснялась тем, что монахи-отступники занимались контрабандой золота в этом золотодобывающем регионе. Решительный отказ, возможно, объяснялся нежеланием короны тратить средства на содержание монастырей и новообращенных в регионе, а возможно, и намерением собрать до последней унции золота церковную десятину. На протяжении всего XVIII в. поступали жалобы на посредственные способности приходского духовенства в Минас-Жерайсе. В наибольшей степени это было виной короны, которая не осуществляла должного обеспечения этих священников из собираемой десятины. И это приводило к тому, что они требовали дополнительные деньги со своих прихожан.
Любой исследователь истории Padroado в XVII и XVIII вв. может сделать вывод, что патронат выступал чаще в виде предмета критики, чем горячих похвал сторонних наблюдателей, не важно, кто это были – французские, испанские или итальянские католики или английские и голландские протестанты. На основании всего вышесказанного вполне понятно, что критика была зачастую во многом оправданной. Но верно и то, что, когда патронат стал скорее обузой для церкви, чем ценным приобретением, были и некоторые исключения, как, например, миссии ораторианцев из Гоа на Цейлоне и миссии итальянских капуцинов в Анголе. Это была их заслуга в том, что местный клир в самое тяжелое время сохранил к ним искреннюю преданность. Среди них особо выделяется вьетнамский священник Филип Бинь, или Филипе ду Росариу. Он родился и был воспитан иезуитами в тонкинской миссии. В 1796 г. вместе с тремя своими соотечественниками он прибыл в Лиссабон просить о присылке миссионеров для просвещения своего народа под началом патроната. Это были времена французской революции и Наполеоновских войн, крайне неподходящий момент для подобной миссии. Он умер в 1833 г., так и не увидев вновь свою родину. Это был последний сторонник патроната в Индокитае; его наследие – рукописи на вьетнамском, португальском и латинском языках, составившие 23 тома, ставшие свидетельством его верности обреченному делу.