Во главе семинарии встали иезуиты вскоре после их прибытия в Гоа, и она была подчинена их Коллегии Св. Павла. Они дали разрешение на поступление нескольких европейцев и выходцев из европейско-азиатских семей. Однако в основном это учреждение продолжало существовать только с целью подготовки катехизаторов и приходских священников для Азии, которые должны были работать в миссиях от мыса Доброй Надежды до Японии. В 1556 г. в семинарии обучалось 110 учеников, национальный состав ее был таким: 19 португальцев-европейцев; 10 мальчиков, рожденных от родителей-португальцев в Азии; 15 мальчиков евро-азиатского происхождения; 13 «малабарцев», вероятно, это были христиане церкви Св. Фомы; 21 уроженец Гоа, то есть маратхи-конкани; 5 китайцев; 5 бенгальцев; 2 бирманца; 3 банту из Восточной Африки; 1 гуджарати; 1 армянин; 5 «мавров» или бывших мусульман; 6 абиссинцев; 5 мальчиков из султанатов Декана. Поступать можно было с 13 до 15 лет. Учебный план был почти таким же, как в иезуитских коллегиях в Европе; основными предметами были латынь и богословские дисциплины. Но учащиеся должны были заниматься своим родным языком в соответствовавших национальных группах дважды в день, чтобы не забывать свой язык и бегло говорить на нем. Окончившие семинарию рукополагались в приходские священники (не в монахи), но только в возрасте 25 лет, если они не были европейцами.
Семинария Святой веры, таким образом, была многонациональным учебным учреждением в самом прямом смысле слова; и в таком качестве она была уникальной. Неизбежно среди португальцев в Индии вначале были самые разные мнения о характере и возможностях местных учащихся. Даже некоторые иезуитские миссионеры были настроены скептически в отношении всего эксперимента. Эти критики разделяли широко распространенное мнение, которое нашло потом отражение в афоризме, приписываемом Хилеру Беллоку: «Вера – это Европа, и Европа – это вера». Один из первых ректоров отец Антониу Гомиш утверждал: «Народ этой страны слаб в вере, и без португальских священников мы ничего не достигнем. Португальские миряне не пойдут на исповедь к индийскому священнику или метису, но только к чистокровному португальцу». Св. Франциск Ксаверий, который поддержал и реорганизовал семинарию и иезуитскую Коллегию Св. Павла, не поддерживал идеи, что индийские отпускники должны быть приняты в Общество Иисуса. Он и его последователи надеялись, что индийцы станут хорошими катехизаторами и помощниками приходских священников, которые набирались в основном из среды европейского монашества. Отдельные первые индийские священники, которые были рукоположены францисканцами до прибытия иезуитов, не оправдали возложенных на них надежд. Некоторые из учащихся в Коллегии Св. Павла не смогли окончить курса, поскольку на старших отделениях обучение шло только на латинском языке. Это разочарование в результатах своей деятельности, неудачи которой были неизбежны для первого и второго поколения христиан, наряду с презрительным отношением верующих португальцев к священникам-индийцам и метисам, привело к ужесточению политики всех религиозных орденов, работавших в сфере патроната в восточных странах. Некий иезуит, побывавший с официальным визитом в Гоа, писал генералу Общества Иисуса в Рим в декабре 1568 г.:
«Приобретенный нами опыт привел нас к мысли, что ныне неподходящий момент принимать местных уроженцев в Общество, даже если они и метисы. Настоятели монашеских орденов также пришли к такому же заключению. Со своей стороны я считаю, что если они хорошо обучены и тверды в вере, то некоторые из них вполне могут помочь нам вести службу; и со временем они могут стать вровень с нами, и потому не следует закрывать двери перед любой нацией, ведь Христос, наш Господь, умер за всех нас».