Когда португальские власти и священники в 1656–1658 гг. были изгнаны с Цейлона, голландцы начали преследовать новообращенных католиков во внутренних равнинных и приморских областях острова. Католические общины были спасены от грозившего им уничтожения благодаря усилиям, которые приложил для этого ораторианец Жозе Ваш из миссии в Гоа, прибывший на Цейлон в 1687 г. и умерший там в 1711 г. Обосновавшись во внутренних горных районах буддистского государства Канди, он и его последователи стали духовными наставниками и возглавили сопротивление местных жителей господству кальвинистов, своих основных гонителей. Будучи по происхождению индийскими браминами, они могли, переодевшись, относительно свободно перемещаться по острову и смогли восстановить связи между католиками Цейлона и их единоверцами на континенте. Движение по возрождению буддизма в Канди во второй половине XVIII в. вынудило местных правителей менее терпимо относиться к католическим миссионерам в их среде, но к тому времени ораторианцы из Гоа уже укрепились в прибрежных провинциях и могли обойтись без столицы Канди в качестве своей базы. Кальвинистская церковь на Цейлоне уже не была больше церковью для прозелитов (неизвестно, насколько таковой она являлась), и местные голландские чиновники не стремились строго выполнять законы, направленные против католицизма. Когда англичане пришли на смену голландцам на Цейлоне в конце XVIII в., они обнаружили действующую католическую общину. Несмотря на то что она не была столь многочисленной, как на пике португальского владычества, когда насчитывалось около 75 тысяч христиан только в тамильском государстве Джафна, на всем острове встречались истинно верующие, чья вера была жива благодаря самоотверженным трудам ораторианцев из Гоа. В 1717 г. Совет по делам заморских территорий сообщал монарху: «Эти миссионеры достигли таких замечательных успехов, что только они и священники компании могут считаться истинными миссионерами в деле обращения в истинную веру жителей Азии».
Церковные власти патроната, управлявшие диоцезом Мелиапур (Маилапур), образованным в 1606 г., в который входил прибрежный район Индии, Бенгалия и Пегу, просуществовали до 1776 г. В этом году французские власти в Пондишери отменили право юрисдикции португальского патроната на французские территории в Индии, и Рим признал это fait accompli (свершившимся фактом). Но Калькутта и Мадрас продолжали оставаться под властью патроната вплоть до 1834 г. Район Мадурай на крайнем юго-восточном окончании полуострова Индостан частично был обращен в христианство миссионерами-иезуитами, которых вдохновлял итальянец Роберто де Нобили (ум. 1656). Он терпимо относился к кастовому устройству индийского общества, намереваясь привлечь к истинной вере представителей высших каст. «Малабарские обряды», как их стали называть, неизбежно попали под подозрение как неортодоксальные, подобно китайским обрядам, и после ожесточенных споров (нашедших отражение в европейской литературе) папа Бенедикт XIV осудил их в 1744 г.
Тем временем португальский патронат столкнулся с серьезными проблемами, когда Бомбей оккупировали англичане и португальских священников заподозрили в нелояльности. В мае 1720 г. Ост-Индская компания изгнала этих священников из Бомбея, и им на смену в апостольское викариатство в Дели пришли итальянцы-кармелиты. Португальские власти в Лиссабоне и Гоа постоянно и настойчиво протестовали против явного нарушения прав патроната. Но только спустя почти 70 лет Ост-Индская компания решила пойти навстречу этим требованиям, поскольку у португальцев уже не было больше возможностей повторно овладеть «Провинцией Севера» маратхов. В мае 1789 г. Бомбей вновь перешел в юрисдикцию архиепископа Гоа, но многие местные католики встали на сторону низложенных итальянских кармелитов и вступили в конфликт с католиками – приверженцами португальского патроната, и об этом вскоре стало известно в Лиссабоне, Лондоне и Риме. После длительных сомнений и раздумий Ост-Индская компания наконец-то решила проблему, по крайней мере на время, приняв соломоново решение, передав два прихода патронату и два – апостолическим викариям.