В оправдание португальского монарха и его советников необходимо сказать, что неудавшийся заговор 1787 г., организованный несколькими местными священниками с целью добиться независимости колонии и подавленный с невиданной жестокостью местными властями, не повлиял на проводимую антирасистскую политику Помбала. Нищенствующие монашеские ордена со временем последовали примеру театинцев и начали принимать в свои ряды послушников-индийцев. Их становилось все больше, в то время как миссионеров из Европы приезжало все меньше, особенно после ликвидации ордена иезуитов. После запрещения всех религиозных орденов по всей Португальской империи в 1834—
1835 гг. в Гоа из 300 монахов-священников только 16 были европейцами. Все остальные были индийцами. Более того, в 1835 г. простой местный священник замещал вакантную кафедру архиепископа Гоа в течение двух лет, хотя только в XX в. священник – уроженец Гоа стал кардиналом. Но все то, что произошло со священниками португальских колоний Индии, которые на протяжении стольких лет отстаивали свое право принадлежности к высшей расе и лишь спустя века достигли полного равенства со священниками-европейцами, может быть отнесено и к остальному колониальному миру. В действительности именно благодаря Помбалу они достигли признания гораздо раньше, чем их коллеги на Филиппинах и в других местах.
Сила расовых предрассудков в Португальской империи, особенно если это касалось негров, объясняет провал планов Помбала сформировать клир из местных уроженцев в Восточной Африке. Принятый по его инициативе 29 мая 1761 г. королевский указ предписывал организацию семинарии на острове Мозамбик, которая должна была готовить священников не только из представителей белого населения, но и из мулатов и получивших свободу негров. Этот указ недвусмысленно ссылался на пример «королевства Анголы и островов Сан-Томе и Принсипи, где приходские священники, канонисты и другие служители набираются из негритянского клира, уроженцев данной местности». Для исполнения этого не подлежащего обсуждению указа так ничего и не было сделано. Современный церковный историк, пишущий о Португальской Восточной Африке, каноник Алкантара Геррейру в 1954 г. с сожалением заметил: «Несмотря на то что прошло почти два века с опубликования этого декрета, еще только предстоит рукоположить первого священника в Мозамбике». Действительно, несколько банту из Восточной Африки были рукоположены в священники в Гоа в XVII и XVIII вв., но эти священники-негры остались в Португальской Индии и так и не вернулись на землю предков. Была ли это преднамеренная политика, не могу сказать. Однако все священники мулаты и метисы Мозамбика, которые были предметом критики со стороны губернаторов и королевских чиновников в XVIII в., прибыли из Гоа.
В Западной Африке, напротив, преобладало более либеральное отношение; некоторые конголезцы, получившие образование в Лиссабоне, были рукоположены в священники уже в правление короля Мануэла. Затем этому примеру последовали острова Зеленого Мыса (Кабо-Верде), остров Сан-Томе, а затем, после некоторого колебания, то же самое сделали и в Анголе. На падре Антониу Виейру в 1652 г. произвел большое впечатление клир острова Сантьягу в архипелаге острова Зеленого Мыса (Кабо-Верде), где он провел рождественские праздники. Он писал: «Священники здесь черны как смола, но настолько хорошо воспитаны, настолько авторитетны и образованны, так тактичны и музыкальны, что им вполне могут позавидовать священники, которые служат в наших кафедральных соборах на родине». Восторженного отношения Виейры в отношении западноафриканского клира не разделяли большинство его соотечественников. Епископ Сан-Томе в 1595 г. утверждал, что негры были готовы принять крещение только от белых священников, не доверяя негритянскому клиру. Почти два века спустя губернатор Анголы критиковал местное священство и заявлял, что «белая кожа и чистота души» – вещи взаимозависимые. Итальянские капуцины также весьма критично воспринимали священников мулатов и метисов, считая их малообразованными, обвиняя их в недостойном поведении и похотливости, в грехе симонии (то есть продажности церковных должностей) и за занятия работорговлей. Но очень высокая смертность среди белого населения Западной Африки и явное нежелание португальских священников служить здесь вело к тому, что мулаты (и в меньшей степени негры), можно сказать, процветали, выполняя свои священнические обязанности. На острове Сан-Томе мулаты-каноники кафедрального капитула обратились в 1707 г. к монарху с петицией не возводить больше негров в священническое достоинство, тем самым подталкивая тех к тому, чтобы они впоследствии отплатили той же монетой.