Во второй половине XVI в. королевская власть непосредственно озаботилась выборами советников муниципалитета, по крайней мере для наиболее важных провинциальных городов. Трехгодичные списки для голосования посылали в Лиссабон, первоначально для внимательной проверки, но с течением времени королевская администрация сама начала выбирать муниципальных советников из предоставленного списка на ближайший год. Списки отобранных кандидатур запечатывали в конверт и отправляли в соответствующий муниципалитет, где 1 января с соблюдением всех формальностей письмо вскрывали. В XVIII в. многие муниципалитеты превратились в самовоспроизводящиеся олигархические структуры, когда переизбирались одни и те же чиновники и ротация постов происходила только среди своих и ближайших родственников вопреки требованиям закона 1504 г. Уполномоченных от гильдий и «народных защитников» в это время уже невозможно было встретить во многих советах; тем самым рабочие лишились прямого представительства в органах власти, а олигархический характер городских советов стал еще более явно выраженным. Упала дисциплина посещения заседаний совета, они происходили крайне нерегулярно вместо обязательных двух раз еженедельно. В некоторых случаях принцип «чистоты крови» более или менее явно игнорировался. Окружной магистрат Одемиры в Алентежу сообщал, что из списка в 18 человек наиболее богатых домовладельцев, кандидатов на занятие муниципальных должностей в 1755 г., четверо имели «зараженную» кровь, передавшуюся им от предков. Один из них, который исполнял обязанности депутата, как и его отец до него, «имел примесь негритянской и еврейской крови; его отец был слугой в доме земледельца, а его бабушка была негритянкой». Некоторые из провинциальных муниципалитетов уже не затрудняли себя посылкой списков в Лиссабон, с чем тот, по-видимому, смирился.
Из того факта, что обстоятельства и само общество изменились, ничуть не следовало, что роль муниципальных советов принизилась и стала менее влиятельной, а королевская власть по-прежнему осуществляла жесткий контроль над ними. На протяжении столетий пути сообщения были столь плохи, что провинциальные города и округа зачастую были предоставлены сами себе. Наилучшая дорога (или не самая плохая) связывала Лиссабон и Брагу и проходила через города Коимбра, Авейру и Порту. Регулярное почтовое сообщение между Лиссабоном и Порту было установлено только в 1797 г. Препятствия природного и иного характера на путях сообщения с неизбежностью вели к тому, что муниципалитеты стали более автономны в управлении, и они продолжали собирать местные налоги до 1822 г. Лиссабонский муниципальный совет, в состав которого входили высшие судейские чиновники и во главе которого с 1572 г. стоял дворянин, сохранил представительство трудового народа в лице «народного защитника» и 24 уполномоченных вплоть до 1834 г. Предположительно, потому, что Лиссабон имел большее население и значительно больший процент ремесленников, чем любой другой португальский город, представительство рабочего класса здесь всегда играло более важную роль и имело большее влияние, чем где-либо еще в стране. Соответственно, 24 представителя гильдий в Порту были более ограничены в своих действиях, и этот институт не работал между 1661 и 1668 гг., а затем был полностью отменен между 1757 и 1795 гг. по причине своих мятежных и бурных собраний.
Муниципальные советы в колониях формировались по образцу подобного совета в метрополии, но, естественно, были свои сходства и отличия. Иногда их основание датируется годом захвата или основания соответствующего города. Так было в случае с Гоа (1510), Байей (1549), Луандой (1575). Иногда совет создавали только после длительного периода роста поселения (Кашуэйра, 1698), иногда – спустя века (Мозамбик, 1763). Некоторые муниципалитеты первоначально создавали с разрешения королевской администрации в точном соответствии с правилами, принятыми в метрополии, и те, раньше или позже, требовали подтверждения своих привилегий и устава, которые часто были точной копией того или иного португальского муниципалитета. Поэтому Гоа получило привилегии Лиссабона; Макао – Эворы; Байя, Рио-де-Жанейро, Луанда и многие другие поселения – Порту. Непонятно, почему чаще всего были востребованы привилегии Порту. Ведь если посмотреть отпечатанное издание 1611 г. под названием Privilegios dos Cidadaos da Cidade do Porto («Привилегии граждан города Порту»), видно, что они полностью идентичны, в том числе и текстуально, привилегиям Лиссабона. Представительство рабочего класса также менялось от места к месту. В муниципалитете Гоа, который был точным подобием лиссабонского, вплоть до второй половины XVIII в. было значительное количество представителей трудового люда. Они обладали правом голоса на заседаниях муниципального совета и имели статус «дворян на время». В Макао, как и в Эворе, никогда не было никаких представителей от рабочих; в Баии juiz do povo и procuradores dos mesteres были в совете только с 1641 по 1713 г.