Место христианского Бога занял Архитектор Вселенной. «Истинному свободному каменщику подобает со всяким усердием чтить и любить Всевышнего, Все-святейшего, Великого Зиждителя Вселенной», — говорилось в масонском катехизисе. Такой подход мог примирить не только людей, принадлежавших к разным вероисповеданиям, но и тех, кто отрицал религию вообще. Несмотря на презрение к пустосвятам и отрицание Церкви, превратившейся в некий политический институт, позабыв свое изначальное предназначение, священников принимали в братство без предварительных проверок, поскольку сам их сан служил доказательством их высокой нравственности и добродетелей. С другой стороны, и сами представители духовенства проявляли интерес к мастерским «вольных каменщиков». Возможно, их, как и Талейрана, привлекала именно возможность завести связи в высшем свете и играть в дальнейшем политическую роль; но не исключено, что истинные пастыри разделяли цели строителей Храма Соломона. В 1776 году в московскую ложу Равенства был принят священник церкви Рождества Пресвятой Богородицы в Столешниках, в 1785-м масоном стал священник, впоследствии митрополит Петербургский и Новгородский Михаил.
Католическую церковь больше всего беспокоило именно то, что в братство принимают людей всех верований; это и стало одним из обвинений, выдвигавшихся против масонов в булле папы Климента XII
Ватикан считал недопустимыми контакты между католиками и протестантами — последние именовались отщепенцами и еретиками. Масоны же смотрели на дело иначе, и надо сказать, что никакой единой идеологической установки не существовало.
«В орден допускаются только христиане, — писал «брат» Ногаре в «Апологии ордена франкмасонов», изданной в Гааге в 1742 году. — Ни один человек вне христианской церкви не может и не должен быть принят в масоны. Вот почему евреи, магометане и язычники обычно отвергаются как неверные». «Религиозное увечье» (имеется в виду обрезание) уподоблялось физическому изъяну.
Но не всем «братьям» был свойствен религиозный шовинизм. Готхольд Эфраим Лессинг обличал в книге «Эрнст и Фальк», написанной в форме диалогов о масонстве, предвзятость по отношению к евреям:
Эрнст: Это равенство, о котором ты говорил мне как об основе Ордена, это равенство, которое наполняло всю мою душу нежданной надеждой, — наконец-то дышать ею в обществе людей, способных мыслить дальше уложений буржуазного общества, не изменив ни одному из них во вред кому бы то ни было.
Фальк: И что же?
Эрнст: Существует ли оно еще? Если оно вообще когда-нибудь существовало! Приведи просвещенного еврея, чтобы он обратился со своей просьбой! «Как, — скажут, — еврей?» Франкмасон должен быть христианином. Неважно, каким, но христианином. Без различия религии не означает без различия между тремя религиями, официально признаваемыми в Священной Римской империи. Согласен ли ты с этим?
Фальк: Совсем нет.
Лессинг прошел посвящение по собственной просьбе в Гамбурге в октябре 1771 года в ложе Трех роз, затем стал мастером, но с 1780-го его имя уже не упоминается в записях. Он перестал посещать ложу, чтобы самостоятельно поразмыслить над вопросами религии.
В уставе марсельской ложи Совершенной искренности было сказано, что «все профаны, имеющие несчастье быть евреями, неграми или магометанами, не подлежат представлению». Даже в портовом Либурне, на улицах которого можно было встретить представителей всех национальностей и конфессий, евреев не впускали в «Храм Соломона». Католики отказывались от вступления в ложу, если узнавали, что среди «братьев» есть евреи.
А вот в петербургскую ложу Урании евреи допускались. 16 августа 1788 года в братство вступили Моисей Оппенгейм из Кёнигсберга и Исаак Левин из Потсдама, 23-го оба за один день были дважды повышены в степени (товарища и мастера), а 25-го Оппенгейм был возведен в четвертую и пятую степень. Возможно, что это проявление редкой религиозной терпимости следует объяснить крупными денежными пожертвованиями: в день приема двух новых членов в кассу для бедных поступило 40 рублей 90 копеек вместо обычных четырехпяти рублей.