Через несколько дней после ухода Басаева российский спецназ при поддержке авиации атаковал три села в горах к югу от Буйнакска (центральный Дагестан), которые двумя годами ранее провозгласили себя исламским джамаатом, или самоуправляемой общиной. Вся территория была сильно укреплена, и лидеры джамаата предупредили, что в случае вмешательства российской армии их ждут репрессии. Они не заставили себя ждать. 4 сентября в Буйнакске был взорван жилой дом, в котором проживали пограничники и члены их семей, в результате чего погибли 58 человек, еще сто получили ранения. Это был первый из так называемых "квартирных взрывов", которые в течение последующих двух недель унесут жизни более 300 человек. За несколько дней до этого Путин сказал военным во время визита в Дагестан: "Мы не имеем права позволить себе быть слабыми". После взрыва в Буйнакске он приказал уничтожить три села.
Через пять дней в Москве произошел второй взрыв, унесший жизни 106 человек. Сначала считалось, что причиной взрыва стала утечка газа. Но утром 10 сентября было официально подтверждено, что это был теракт. В тот день Путин должен был отправиться на саммит АТЭС - форум Азиатско-Тихоокеанского экономического сотрудничества - в Окленд (Новая Зеландия), почти в 24 часах полета от Москвы. С согласия Ельцина он решил, что визит должен состояться. На следующий день после приезда он сообщил президенту Клинтону, что взрывы в квартирах связаны с ситуацией в Дагестане и что у него есть "все основания полагать", что преступники принадлежат к движению, возглавляемому Усамой бен Ладеном, которое также совершало нападения на американские объекты. Клинтон пропустил мимо ушей упоминание об Аль-Каиде, но заверил его, что «пока вы используете соответствующие средства для борьбы с террористами и сепаратистами, Соединенные Штаты будут поддерживать вас». Как стало ясно в течение следующего года, когда в адрес российских военных то и дело звучали обвинения в превышении полномочий, слово "соответствующие" было важным уточнением.
Ельцин первоначально планировал сам принять участие в саммите в Окленде, но за несколько дней до этого позвонил Клинтону и сообщил, что вместо него поедет Путин, добавив при этом, что он будет "следующим президентом России в 2000 году".
По словам одного из них, чиновники, слушавшие в Белом доме, были "ошарашены". Когда Ельцин объявил о назначении Путина, он назвал его "человеком, способным ... консолидировать общество и ... обеспечить продолжение реформ в России". Но он не сказал прямо, что Путин является наследником. Многие в Вашингтоне предполагали, что он будет очередным в бесконечной череде премьер-министров, которых Ельцин пробовал в течение нескольких месяцев, а затем отбрасывал. Это придало его встрече с Клинтоном в Новой Зеландии совершенно иное значение.
Эти два человека провели вместе более часа. В стенограмме видно, что они оба пытались понять друг друга, не выдавая себя.
Путин начал с того, что упомянул о раннем сотрудничестве Клинтона с сенатором Фулбрайтом, демократом из его родного штата Арканзас, который в 1960-х годах выступал за разрядку в отношениях с Советским Союзом. Это был характерный прием, призванный показать собеседнику, что он всесторонне проинформирован. Нечто подобное он сделал при первой встрече со Строубом Тэлботтом, вскользь упомянув о русских поэтах-конструктивистах, которых Тэлботт изучал в Оксфорде. Но на этот раз все прошло неудачно. Клинтон работал у Фулбрайта совсем недолго, одно лето в качестве стажера. Более того, именно у Фулбрайта он познакомился с Джимом МакДугалом, с которым впоследствии оказался втянут в неудачное предприятие по продаже недвижимости, так называемое "дело Уайтуотера", отравившее его первый срок. Это было не самое приятное воспоминание.
Ссылка Путина на визит Клинтона в Санкт-Петербург в 1996 г. была не менее неудачной. Клинтон ненавидел этот визит, когда, как он сказал Тэлботту, ему показалось, что меры безопасности, организованные Путиным, "держали [его] в чертовом коконе".