Березовский выступил против новых мер потому, что осенью прошлого года, создавая "Единство" для участия в думских выборах, он заручился поддержкой губернаторов, пообещав им, что Путин, в отличие от Примакова, не станет ограничивать их полномочия. Теперь эти заверения оказались пустыми.
В открытом письме, опубликованном в конце мая в деловой газете "Коммерсантъ", владельцем которой является Березовский, он осудил изменения как "неуместные [и] антидемократические", как регресс к советской практике, которая приведет к "закрытым, коррумпированным, монолитным местным бюрократиям". В демократическом обществе, в отличие от диктатуры, напомнил он Путину, необходимо "убеждать граждан в своей правоте, а не указывать им, что делать". Публично Путин приветствовал это вмешательство. Березовский обратил внимание на возможные недостатки, сказал он, и "неплохо" иметь другую точку зрения. В частном порядке он сказал ему, что полностью с ним не согласен. Не помогло то, что личная копия письма, которую Березовский отправил ему, а не опубликованная версия, была адресована "Уважаемому Володе" и использовала привычное ty, а не формальное vy. Для Путина такое неуважение - если не к себе, то к своему положению главы государства - было непростительно. Авен посчитал это письмо точкой невозврата. При встрече Березовский усугубил ситуацию, сказав Путину: "Если так будет продолжаться, я буду публично выступать против Вас", на что президент резко ответил: "Как хотите. Это ваше дело".
Доренко решил, что он лишился рассудка. По его словам, Березовский не понимал, что природа власти в России и в Европе различна. 'Там правители - это лидеры. А у нас - царь-священник". Ошибка Березовского заключалась в том, что он считал Путина своей креатурой и мог обращаться с ним соответствующим образом.
Олигарх выполнил свою угрозу уйти в оппозицию. Он сложил с себя полномочия депутата Госдумы, где представлял маленькую кавказскую республику Карачаево-Черкесию - должность, которую он получил благодаря деньгам и связям, - и попытался создать "партию губернаторов", чтобы противостоять путинским реформам, которые он теперь публично называл "путем к диктатуре". У него ничего не вышло. Губернаторы, однажды обжегшись на доверии к Березовскому, не собирались повторять ошибку. Некоторое время он поддерживал непрочные контакты с Кремлем, но где-то в первой половине июля Путин заявил своим помощникам, что больше не будет с ним встречаться.
Через месяц Путин столкнулся с первым серьезным кризисом за время своего президентства. Днем 12 августа он прилетел в Сочи, чтобы вместе с Людмилой и детьми отправиться на летние каникулы. В семь утра следующего дня, а это было воскресенье, его разбудил телефонный звонок министра обороны маршала Игоря Сергеева, который сообщил, что потеряна связь с атомной подводной лодкой "Курск" класса "Антей", которая принимала участие в учениях Северного флота в Баренцевом море. Построенная в 1994 году, эта лодка была самой большой в мире атомной ударной подводной лодкой и гордостью флота. Имея длину в полтора раза больше футбольного поля, она имела двойной корпус, покрытый резиной, чтобы сбить с толку радары, и, как утверждается, могла выдержать прямое попадание торпеды. На его борту находился экипаж из 118 человек и полный комплект обычного вооружения: 18 противолодочных ракет SS-N-16 и 24 крылатые ракеты SS-N-19.
Поинтересовавшись состоянием ядерных реакторов и получив заверения в их безопасности, Путин спросил, не следует ли ему вылететь на место происшествия. Сергеев ответил ему, что поиски уже ведутся и его присутствие не обязательно. Глеб Павловский, его политический стратег, с которым он также консультировался, дал тот же совет. «Я ошибался, - признавал потом Павловский, - но я действительно считал, что ему не нужно было туда ехать. Он ничего не мог сделать».
На следующий день военно-морской флот выпустил бездоказательное коммюнике, в котором говорилось, что "Курск" получил "неисправность" и покоится на морском дне. Предполагалось, что экипаж жив - "акустические сигналы" были обнаружены - и имеет достаточно кислорода, чтобы продержаться две недели. Сергеев и другие официальные лица предположили, что корабль мог столкнуться с иностранной подводной лодкой, которая якобы следила за ним. Когда Великобритания и Норвегия предложили помощь, им ответили, что у России есть все необходимое для проведения спасательных работ, но им мешает плохая погода. Только в среду, 16 августа, после звонка президента Клинтона, который выразил обеспокоенность затянувшимися сроками спасательной операции, Путин приказал командующему ВМФ адмиралу Куроедову "принять любую помощь, откуда бы она ни пришла".Даже после этого военные не хотели допускать западных экспертов к пострадавшему судну и продолжали тянуть время.