Если первую группу заботило улучшение нравственности, то вторая – самыми видными фигурами в ней были Алексей Михайлович, его близкий соратник Федор Ртищев, царский духовник Стефан Вонифатьев и отличавшийся космополитичными взглядами новгородский митрополит Никон – сосредоточилась на подготовке русского православия к обретению им законного первенства среди восточных церквей (в 1685 году Киевская митрополия стала подчиняться не Константинополю, а Москве). Контролируя возрожденный Печатный двор, они вернулись к главной проблеме, поставленной Стоглавым собором – необходимости устранить расхождения в богослужебных книгах. Перед ними стояла трудная задача: определить, какие тексты являются подлинными, с учетом того, что традиция насчитывала уже много веков. Все они прислушивались в первую очередь к грекоязычным советникам и патриархам, настойчиво предлагавшим взять за образец книги, имевшие хождение среди греческой диаспоры – зачастую напечатанные в Венеции и носившие следы посттридентского католицизма. Тексты, которые выпускали московские издатели, пользуясь этими источниками, часто противоречили постановлениям собора 1551 года, фактически отвергнутым Церковью в 1660-х годах.
В 1652 году Никон стал патриархом и энергично взялся за исправление богослужебных текстов. В 1653 году он выпустил обновленный «Номоканон», а в последующие годы – ряд других книг: Псалтырь, Часослов, Новый Завет, Деяния апостолов и так далее. Вместе с множеством указов это влекло за собой перемены в текстах и ритуалах, которые меняли если не православное вероучение, то богослужение – исподволь, но весьма существенно. Назовем некоторые из них: трехперстное знамение, греческий четырехконечный крест (вместо традиционного восьмиконечного), другое количество поклонов на великопостных службах, новое написание имени Христа (Иисус вместо Исус) и небольшие, но важные изменения в Никейском символе веры. Жесткий и честолюбивый Никон разослал новые книги во все приходы, соборы и монастыри, велев служить по ним под угрозой быть обвиненным в ереси (согласно указу 1656 года). Он не позаботился о том, чтобы подготовить почву для этого или объяснить отдаленным обителям и приходам логику изменений.
Проводя в жизнь эти реформы, православная церковь следовала сложившейся традиции, а цели этих мероприятий ставились церковными соборами с 1551 года. Но этот процесс имел параллели в католичестве и протестантизме, где с XVI века обозначился поворот к большей нравственной строгости, что было известно некоторым русским реформаторам. Новые книги Никона и стремление церкви контролировать нравственность мирян представляли собой ту же разновидность конфессионализации, которую осуществляли протестантские секты и католицизм в ходе Контрреформации. Конфессионализация подразумевает усилия институционализированной церкви, направленные на закрепление церковных догм в катехизисах и библейских текстах, переведенных на местные языки, наставление паствы в том, что касается вероучения и ритуалов, ужесточение контроля над нравственностью верующих и их приверженностью данному вероисповеданию. Однако в России этот процесс шел не так успешно, как внутри католичества, лютеранства и кальвинизма, по причине нехватки ресурсов. Новые книги Никона распространялись принудительно, но миряне почти не были вовлечены в реформу. Ее творцы даже не попытались внедрить основные элементы европейской конфессионализации: основание семинарий, улучшение образования клириков, открытие приходских школ, выпуск назидательных трудов на местных языках, насаждение грамотности среди мирян. Важным первым шагом могло бы стать создание более густой сети приходов, но усилия по дроблению епархий, предпринятые в 1680-е годы, вызвали сопротивление епископов, не желавших лишаться своего могущества. Однако многие миряне в любом случае выступили бы против реформ, менявших то, что для них было важнейшей составляющей веры – обряд.