Оппозиция, включавшая часть «ревнителей благочестия», появилась немедленно. Аввакум, Иван Неронов и прочие постоянно протестовали, указывая, что греческие книги не являются древними оригиналами, но были исправлены под влиянием еретиков-католиков, что обрядовые изменения не имеют прецедентов и суть православия – в сохранении священного наследия нетронутым; решения собора 1551 года, по их мнению, представляли подлинную отечественную традицию. Они сразу же отвергли Псалтырь 1653 года, а впоследствии – другие исправленные книги, чем навлекли на себя гнев церковных иерархов. Неронов в 1656 году был отлучен от церкви и сослан в монастырь, откуда бежал и продолжил пламенно выступить против реформ. Представ перед церковным собором 1667 года по обвинению в ереси, Неронов покаялся, но многие другие не сделали этого. Стойким противником реформы оставался, к примеру, Аввакум: высланный в Сибирь (1653), он продолжил проповедовать там и в 1664 году был возвращен в Москву. На соборе 1667 года он вместе с группой единомышленников отказался от покаяния, был сослан в Пустозерск и сожжен там в 1682 году. Между тем Никон сложил с себя патриарший сан (1658) из-за конфликта с царем – он считал церковь стоящей выше государства. В защиту своего тезиса он приводил две аналогии: в первой из них церковь и государство сравнивались с солнцем и луной, во второй духовная и светская власть представали «двумя мечами», – обе использовались средневековыми папами в их борьбе против европейских монархов. Однако к доводам Никона не прислушались.
Собор 1666–1667 годов, решающий голос на котором получили приглашенные греческие патриархи, стал поворотной точкой в истории Русской православной церкви. Низложив Никона, он подтвердил его реформы и анафематствовал их противников. Это вызвало открытое возмущение несогласных; сотни общин присоединились к тому, что получило название староверия. В 1684 году вышел царский указ, обрушивавший на раскольников всю мощь государства – инакомыслие рассматривалось как неповиновение властям. К староверам могли применяться любые меры, вплоть до смертной казни через сожжение.
Переход в открытую оппозицию церкви был нелегким шагом для рукоположенных священников, таких как Аввакум и Неронов, и оправдать его можно было только при помощи апокалиптического мышления. Милленаризм, достаточно распространенный в России еще в XVI веке, стал еще сильнее в следующем столетии из-за появления апокалиптических сочинений и иллюстративных материалов, созданных в Украине. Уже в 1620-е годы появилось раскольничье милленаристское движение под предводительством харизматичного вождя – инока Капитона, предвосхитившее многие идеи и структуры старообрядчества. Свою эпоху, принесшую небывалые социальные и экономические потрясения (закрепощение, усиление тягла, рост бюрократизации, религиозные преобразования), Капитон и его последователи считали концом времен, объявив Церковь и государство еретическими. Капитоновцы уходили в леса, где жили небольшими общинами вроде монашеских, подражая раннехристианским пустынникам с их предельным аскетизмом, осуждая государство как носителя языческого начала.