В 1988 г., в годы перестройки в СССР, в регионе возникло движение «Гагауз халкы», выступившее за отделение региона от Молдовы. 19 августа 1990 г. по инициативе лидеров национального движения Гагаузии в ответ на провозглашенную официальным Кишиневом прорумынскую ориентацию и дистанцирование от России была провозглашена Республика Гагауз-Ери, создан собственный законодательный орган. Молдавские власти расценили эти действия как неконституционный и юридически незаконный акт. Для усмирения «сепаратистов» на юг выдвинулся многотысячный отряд волонтеров во главе с лидером националистов, премьер-министром М. Друком. Ему противостояли сформированный гагаузами батальон «Буджак» и отряды добровольцев из Приднестровья. Кровопролития удалось избежать не в последнюю очередь благодаря предостережениям Москвы и Анкары.
В 1994 г. после поражения на парламентских выборах Народного фронта Молдовы острота конфликта спала. 23 декабря 1994 г. молдавский Парламент принял закон «Об особом правовом статусе Автономного территориального образования (АТО) Гагауз-Ери». Закон создал основу для формирования структур законодательной и исполнительной власти в автономии, разработки местной законодательной базы. В марте 1995 г. был проведен референдум по определению населенных пунктов, относящихся к автономии (с проживанием свыше 50 % гагаузов). 14 мая 1998 г. был принят основной закон автономии – Уложение Гагаузии.
Позднее Парламентом Республики Молдова были внесены изменения в ст. 111 Конституции, юридически закрепившие статус Гагаузии в составе РМ.
Автономия имеет собственную символику – флаг, герб и гимн.
Высшим должностным лицом автономии является Башкан (Глава) Гагаузии, избирается прямыми выборами сроком на 4 года. Ему подчиняются все органы публичного управления автономии. Указом президента Республика Молдова он является членом Правительства Республики Молдова. 22 марта 2015 г. на эту должность была избрана Влах Ирина Федоровна, набравшая более 51 % в первом туре выборов. 30 июня 2019 г. И. Влах была переизбрана на пост главы Гагаузии, получив впечатляющие результаты – 91,9 % голосов.
Высший орган исполнительной власти – Исполнительный комитет (Бакканнык Комитети).
Высший представительный и законодательный орган – Народное собрание (Халк Топлушу) состоит из 35 депутатов, избираемых сроком на четыре года. Состав местного парламента пятого созыва сформирован по результатам выборов, прошедших в ноябре 2016 г.
Экономический потенциал АТО Гагаузия определяется многовековым опытом населения в сельском хозяйстве и производстве пищевых продуктов (виноград, зерно, подсолнечник и др.). В различных сферах экономики автономии зарегистрировано 6729 экономических агентов, из которых 112 – с иностранным капиталом.
В структуре промышленной продукции Республики доля предприятий Гагаузии составляет 2,4 %. Ведущие отрасли автономии – перерабатывающие предприятия, работают на сельскохозяйственном сырье – винограде, зерне, подсолнечнике и др. (винодельческие заводы, табачные фабрики, молочное производство и т. п.).
Гагаузия, наряду с Приднестровьем, активно работает над расширением связей с российскими регионами, прежде всего с Москвой, Московской областью, Санкт-Петербургом, Татарстаном, Башкортостаном, Брянской, Пензенской, Псковской и Нижегородской областями.
В 2007 г. Россия, в том числе по линии субъектов федерации, оказала помощь населению Гагаузии на сумму 3,8 млн долл. в целях ликвидации последствий засухи (от Кишинева гагаузы помощи практически не получили). В 2010 г. была предоставлена помощь в виде поставки 5 тыс. тонн дизельного топлива. На регулярной основе в регион поступает учебно-методическая литература на русском языке.
В автономии зарегистрировано 20 экономических агентов с участием российского капитала. Они пользуются льготным налогообложением. Администрация Гагаузии возлагает большие надежды на инвестиции из российских регионов в виноделие, производство детского питания, переработку и расфасовку меда, переработку шерсти, создание агропромышленных комплексов. Такой настрой сопровождается и реальной заинтересованностью в укреплении позиций русского языка и культуры в этом пророссийски ориентированном регионе.
В 2015–2016 гг. продолжено оказание гуманитарной помощи автономии. Правительство Московской области направило учебную и художественную литературу, спортивный инвентарь для библиотек и школ Гагаузии. Была оказана гуманитарная помощь по линии правительства Санкт-Петербурга, которое передало автономии 24 мини-трактора, по линии Правительства Российской Федерации было передано 3 автомашины скорой помощи, 2 пожарные машины, МЧС России доставил в Комрат 5 школьных автобусов, современное медицинское оборудование, инвалидные коляски, слуховые аппараты (на общую сумму более 50 млн руб.).
У Гагаузии традиционно сильно сотрудничество с Турцией и Азербайджаном, она поддерживает контакты с регионами Украины, Беларуси и Румынии.