Год спустя, 11 мая 1888 г., вышло еще одно высочайшее повеление — «О подчинении гражданских дел, возникающих между проживающими в Бухарском ханстве русскими подданными, ведению местного Российского политического агента и Самаркандского областного суда», которыми политическому агенту, наряду с судебными функциями в гражданско-правовой сфере, также придавались полномочия по охранению имущества русско-подданных, обеспечению опекунства и вызову наследников ([ПСЗРИ, 1890, № 5194, с. 215]; см. также: [Becker, 2004, p. 112]). В результате политическое агентство получило возможность более эффективной защиты интересов российских подданных в Бухарском эмирате.
Однако формальное подтверждение судебных полномочий Российского политического агентства в уголовно-правовой сфере имело и «оборотную сторону медали»: к многочисленным полномочиям агента как имперского дипломата, информатора туркестанских властей о ситуации в Бухаре, консульского работника и проч. прибавились также и судебные обязанности, требовавшие значительного внимания и отнимавшие много времени. Более того, вскоре под юрисдикцию политического агента в Бухаре были переданы также и дела, возникающие с участием русских подданных в другом бухарском городе — Чарджуе. В результате Н. В. Чарыков стал прямо-таки бомбардировать туркестанского генерал-губернатора Н. О. фон Розенбаха (который в свое время способствовал его назначению в Бухару) письмами с просьбой откомандировать какого-либо сотрудника своего юридического департамента, чтобы переложить на него хотя бы часть судебных функций. Однако Розенбах отвечал, что этот департамент находится в ведении Министерства юстиции, и он, генерал-губернатор, не имеет полномочий выполнить просьбу Чарыкова. Настойчивый политический агент, заручившись поддержкой Розенбаха, обратился в центральные имперские органы власти и сумел добиться своего: 9 мая 1889 г. было издано высочайше утвержденное мнение Государственного совета «Об учреждении должности мирового судьи в городе Новом Чарджуе», согласно которому он исполнял в этом населенном пункте функции, аналогичные судебным функциям самого политического агента в Бухаре — однако, если по результатам следствия выяснялось, что преступником являлся не русско-подданный, дело передавалось уже самому политическому агенту, который по этому вопросу вступал в контакт с эмирскими властями ([ПСЗРИ, 1891, № 5994, с. 200–201]; см. также: [Becker, 2004, p. 113]).