Итогом проделанной работы стал солидный по объему двухтомник («Влияние урожаев и хлебных цен на некоторые стороны русского народного хозяйства»), вышедший под редакцией двух авторитетных ученых в 1897 году и включавший статьи ряда либеральных и народнических экономистов (Чупров был автором раздела «Влияние хлебных цен и урожаев на движение земельной собственности»). «Мало нашлось бы в русской литературе книг, – отмечал Посников, – появление которых сопровождалось такой бурей в прессе, поднявшейся чуть ли не на следующий день после ее выхода из типографии». Причем это был вовсе не огонь критики, а исключительно поток раздражения и неприкрытой злобы. «Главное положение… книги заключается в том, что современный сельскохозяйственный кризис, выражающийся в крайнем понижении хлебных цен, затрагивает интересы не большинства, а меньшинства русских земледельческих хозяйств, – разъясняли ситуацию редакторы. – Наши критики не могут переварить этого положения, не могут примириться с тою мыслью, что в стране, которая издавна считалась и до сих пор именуется житницей Европы, для большинства хозяйств или безразличны, или даже выгодны низкие цены хлеба. Это господствующий мотив, который дает основной тон всей критике. Наше утверждение объявляется какой-то ересью, вопиющим нарушением не только общепризнанных аксиом науки, но даже простого здравого смысла». Наряду с мифом о «России – житнице Европы» («Никакого обилия хлеба в России нет, отсюда давно уже вывозится за границу то, в чем сами нуждаемся, а крестьяне сплошь и рядом набивают свои желудки разными суррогатами хлеба») авторы двухтомника опровергли еще одно распространенное заблуждение: о том, что с обесценением главного производимого в стране продукта обесценивается и труд, а значит, большинству крестьян в России якобы выгодны высокие цены на хлеб. В этой связи Чупров и Посников заявляли: данное правило справедливо для Западной Европы, а в «нашей земледельческой стране, еще только совершающей переход к системе денежного хозяйства, эта формула практически не осуществляется: с обесценением хлеба труд у нас дорожает».
Результаты исследования позволили сорвать маску с влиятельного землевладельческого лобби, представители которого утверждали: поскольку зерно в России – основной экспортный товар, значит, государству выгодно, чтобы цены на него были высокими, а следовательно, верховная власть должна в первую очередь защищать интересы крупных помещиков – основных поставщиков товарного хлеба. Чупров и другие создатели книги, напротив, были убеждены, что нельзя даже сопоставлять эти величины: с одной стороны, выгоды крупного хозяйства, которое продает сотни тысяч пудов зерна и выигрывает при поднятии цен на хлеб десятки тысяч рублей, а с другой – потери нескольких тысяч хозяйств, покупающих хлеб пудами и потому испытывающих немалые трудности при его вздорожании. Сопоставлять эти величины, по мнению редакторов, значило бы «забывать человека из-за товара»; они были убеждены в том, что «драгоценнейшие блага» – это прежде всего «силы и здоровье народа», и государственный интерес должен всегда состоять в поддержке нужд большинства населения.
Авторитет Чупрова был высок не только среди высшего чиновничества, но и в предпринимательских кругах. Он входил в московское отделение Совета торговли и мануфактур, был одним из активных участников торгово-промышленных съездов.
В 1899 году Чупров вынужден был покинуть Россию по состоянию здоровья (тяжелая форма стенокардии) и уехать для лечения за границу. До конца своих дней он жил в Италии, Франции, Швейцарии, но в основном в Германии (Дрездене и Мюнхене). Международный авторитет Чупрова, интерес к очередным результатам его исследований делали ученого желанным гостем и участником дискуссий на различных научных форумах. Однако в этот период вынужденной «эмиграции» он не отдалился от российских проблем, по-прежнему сообразуя темы своих научных изысканий с потребностями родины, поддерживая постоянные контакты с соотечественниками, выступая на страницах отечественной прессы, прежде всего в «Русских ведомостях».
В пору зарождения и стремительного развития многопартийности на родине Чупров, оставаясь беспартийным, сочувствовал Конституционно-демократической партии, в рядах которой было немало его учеников (кадетом был и его сын Александр). В то же время узы идейного родства и крепкой дружбы по-прежнему связывали Чупрова с давними верными соратниками, которые всегда «жили с ним общим образом мыслей, одинаковыми надеждами и идеалами». По словам А.В. Амфитеатрова, «с особенною нежностью любил он М.М. Ковалевского». Столь же близкими ему оставались А.С. Посников, И.И. Иванюков. Убежденные конституционалисты, все они тем не менее, не пожелав надевать на себя «кадетское ярмо», предпочли создать собственную Партию демократических реформ (ПДР), ставшую первым опытом партийной организации либералов-центристов, своего рода предтечей Партии мирного обновления, а впоследствии – Партии прогрессистов.