Подводя итоги анализу структурных изменений российской государственности, необходимо отметить, что за годы перестройки так и не была оформлена целостная, стройная система государственных органов, подчиненных народному волеизъявлению. Согласно Закону РСФСР «О выборах Президента РСФСР», выборы президента назначались Съездом народных депутатов. Формально кандидаты на пост президента могли выдвигаться республиканскими политическими партиями, профсоюзами и массовыми общественно-политическими движениями, зарегистрированными в установленном порядке, а также республиканскими органами зарегистрированных всесоюзных политических партий, профсоюзов и массовых общественно-политических движений. Трудовые коллективы предприятий, учреждений, организаций, коллективы средних специальных и высших учебных заведений, собрания граждан по месту жительства и военнослужащих по воинским частям имели право непосредственно выдвигать кандидатов на пост президента при условии поддержки выдвигаемой кандидатуры не менее чем ста тысячами российских граждан, обладающих избирательным правом.
Однако Закон «О выборах Президента РСФСР», добавив к традиционным для прежней избирательной системы субъектам выдвижения политические партии, введя новый институт выдвижения кандидатов путем сбора подписей избирателей в их поддержку, вместе с тем оставил за Съездом народных депутатов право вмешиваться в ход избирательной кампании. Так, в бюллетень для тайного голосования по выборам президента включались только кандидаты, получившие поддержку 100 тыс. граждан, а также кандидаты, которых не позднее чем за 15 дней до выборов тайным голосованием на заседании Съезда либо путем сбора подписей поддержало не менее одной пятой от общего числа народных депутатов РСФСР. В случае, если на пост президента не было выдвинуто ни одного либо все выдвинутые кандидаты сняли свои кандидатуры, кандидаты могли выдвигаться исключительно на заседаниях съезда. Выдвинутыми в этом случае считались получившие в результате тайного голосования поддержку не менее одной пятой от общего числа народных депутатов. Тем самым, Съезд оставлял за собой возможность влияния на процедуру выдвижения кандидатов, фактически выполняя функции окружного предвыборного собрания.
Выборы президента проходили по мажоритарной избирательной системе абсолютного большинства (в первом туре) и относительного большинства (во втором туре) по избирательным округам, образуемым Центральной избирательной комиссией в границах республик, входящих в состав РСФСР, краев, областей, автономных областей и автономных округов, городов Москвы и Санкт-Петербурга. Избранным считался кандидат, получивший в ходе выборов более половины голосов избирателей, принявших участие в голосовании при условии, что в голосовании приняли участие не менее половины граждан, внесенных в списки избирателей. В случае, если ни один из кандидатов в первом туре не был избран, предусматривалось проведение повторного голосования, по итогам которого избранным считался кандидат, получивший наибольшее число голосов избирателей, принявших участие в голосовании (при условии, что число голосов, поданных за кандидата, больше числа голосов, поданных против него).
Эти нормы устанавливали гарантии легитимности избранного должностного лица: 50-процентная явка требовалась как в первом, так и во втором туре. Более того, при проведении повторного голосования победитель определялся не по чисто формальной разнице голосов между оставшимися претендентами, а с учетом реального большинства избирателей, проголосовавших за конкретного кандидата. Таким образом, законодатель в лице Съезда народных депутатов установил для избрания Президента РСФСР более высокие требования. Фигура Президента РСФСР, впервые избираемого на альтернативной многопартийной основе и по столь высоким стандартам представительности, оказывалась фактически наделенной теми же учредительными полномочиями, на осуществление которых претендовал сам Съезд народных депутатов. Дальнейший ход событий только усугубил эту конкуренцию.
Первые в отечественной истории выборы Президента РСФСР состоялись 12 июня 1991 года. На должность президента претендовали шесть кандидатов. Президентом был избран Б. Н. Ельцин, получивший уже в первом туре 57, 3% голосов избирателей. Фактически сразу после избрания началось обострение противоречий между Съездом, Верховным Советом и Президентом РСФСР по поводу полномочий законодательной и исполнительной ветвей власти. В ходе этого противостояния Съездом народных депутатов предпринимались попытки ослабления позиций президента при формировании правительства. В частности, четыре ключевых министра – иностранных дел, обороны, безопасности, внутренних дел – по принятому Съездом народных депутатов в декабре 1992 года Закону «Об изменениях и дополнениях Конституции (Основного Закона) Российской Федерации – России», могли назначаться президентом только с согласия Верховного Совета. Кроме того, правительство стало подотчетным не только президенту, но также Съезду народных депутатов и Верховному Совету.