Одной из не решенных до конца проблем остается проблема согласования работы федерального правительства и Администрации Президента. Последняя в 90-е годы фактически превратилась в государственный орган, координирующий деятельность всех подчиненных президенту структур, являясь в отношении них своеобразным «вторым правительством». Такая ее роль противоречит общепринятому пониманию администрации главы государства как сугубо вспомогательного, технического органа при президенте и не вполне соответствует конституционной системе разделения власти. Кроме того, происходит дублирование функций федеральных органов исполнительной власти, особенно в области регулирования экономических процессов. При этом материально-техническое обеспечение институтов государственной власти осуществлялось Управлением делами Президента России, формально выделенным из состава Администрации Президента в самостоятельное звено со статусом федерального органа исполнительной власти (что само по себе вызывает вопросы). Вполне можно утверждать, что конституционная самостоятельность всех ветвей власти все эти годы была ограничена определенной материальной зависимостью от президента и его Управления делами.
Все эти обстоятельства ставят на повестку дня необходимость разработки и закрепления в конституционном законодательстве комплекса мер по совершенствованию механизмов осуществления государственной власти. Это позволит не допустить попыток посягательства какой бы то ни было ветви, органа власти на основы конституционного строя, принципы суверенности и принадлежности власти народу. С этой целью в законах необходимо конкретизировать содержание конституционного принципа разделения власти, прежде всего по линии президент–Совет Федерации – Конституционный Суд. Это позволит не только повысить эффективность функционирования президента как центрального института российской государственности, но и ответственность правительства перед Государственной Думой, перед российским народом, избирателями.
Очередные новации, связанные со все большим включением президента в работу структур исполнительной власти, в том числе в области монетизации льгот, реформ здравоохранения и ЖКХ, не развивают нынешний статус главы государства. Речь скорее идет о дублировании работы правительства, освобождении его от ответственности перед Государственной Думой и населением. В конституционном контексте можно и нужно говорить о Президенте Российской Федерации как об одном из носителей функций федеральной исполнительной власти, однако осуществляющем эти функции не принижая самостоятельного статуса правительства. При таком подходе гораздо проще планировать разделение управленческих функций в сфере исполнительной власти и обеспечивать их оптимизацию и ответственность перед населением.
Необходимо разрабатывать концепцию президентской власти, определяющую не только основные направления развития Российской Федерации, но и реализующую важнейшие полномочия в сфере исполнительной власти. Новая концепция должна как обеспечивать согласованное функционирование и взаимодействие государственных органов, независимость и государственную целостность Российской Федерации, так и осуществлять стратегическое руководство исполнительной ветвью власти, избегая, однако, при этом дублирования с полномочиями правительства и его конкретной деятельностью.
Следует разгрузить институт Президента Российской Федерации от выполнения рутинных управленческих функций, особенно в сфере экономики. Одновременно необходимо усилить ответственность правительства за реализацию его конституционных полномочий и расширить его самостоятельность в решении оперативных вопросов, текущих проблем экономики. Это позволило бы, с одной стороны, создать лучшие условия для сосредоточения деятельности президента на стратегических проблемах развития общества и государства. С другой стороны, не будучи втянутым в повседневную деятельность правительства, президент мог бы более эффективно выполнять свои полномочия гаранта Конституции и арбитра во взаимоотношениях различных органов государственной власти.
Конституционно-правовое положение Правительства России предполагает определенную дистанцию в его взаимоотношениях с президентом и исключает полную административную подчиненность правительства главе государства. Иначе закрепляемые Конституцией координационные функции главы государства по обеспечению согласованного функционирования органов власти могут превратиться в простое административное руководство. Это снизит как управленческую эффективность Правительства Российской Федерации, так и реальную роль президента как института, занимающегося вопросами стратегического развития страны.