Яростной критике ревнителей обновления подверглась консисторская система управления, которая в своих общих чертах сложилась в царствование Николая I. Ее основными элементами были Епархиальное Начальство (епископ и члены духовной консистории), сеть благочинных и местные причты. Периодически созывались общеепархиальные и благочиннические съезды, которые рассматривали многие важные вопросы жизни епархии.
Епископ, полновластный глава епархии, назначался и смещался со своего поста указом Св. Синода. У архиерея имелся собственный штат помощников, выполнявших канцелярские и административно-хозяйственные дела. Например, штат Самарского архиерейского дома состоял из эконома, казначея, нескольких послушников и монашествующих. Иногда, для более эффективного управления или ведения миссионерской работы, в помощь епископу назначался викарий. Так, в 1912 г. архимандрит Алатырского Свято-Троицкого монастыря Назарий был назначен Синодом викарным епископом Алатырским на вновь учреждённую кафедру в Симбирской епархии. Консистория, состоявшая из канцелярии и духовного присутствия, являлась высшим административным, судебным и распорядительным органом епархии. Она осуществляла контроль над всем ходом епархиальной жизни. Хотя ее члены формально подчинялись епископу, назначались они Синодом. При своем несогласии с решением консистории по тому или иному вопросу архиерей был вправе отменить его, а также мог удалить члена присутствия от участия в заседаниях и даже назначить временных членов присутствия. Нельзя не согласиться, поэтому, с теми исследователями, которые полагают, что подобная двойственность исключала возможность юридически правильной деятельности епархиальной власти.
В целом, функция консистории состояла в том, чтобы разгрузить канцелярию епископа от основной массы бумаг, и освободить его самого от формальной бюрократической рутины. По выражению одного автора, «консистория – это фабрика бумаг». Текущей документацией занималась консисторская канцелярия, руководимая секретарём, который координировал работу нескольких отделов («столов») и следил за исполнением закона в деятельности консистории и её отношениях с архиереем. Ни одна бумага не имела хода без ведома секретаря, который в своей работе был вполне самостоятелен. Более того, он представлял обер-прокурору Синода рапорты о деятельности консистории, а также секретные донесения обо всех значимых событиях епархиальной жизни.
Каждая епархия состояла из благочинных округов, возглавлявшихся специально избранными священниками-благочинными. В их компетенцию входило наблюдение за благоустройством, строительством и содержанием храмов, надзор за монастырями, за исполнением духовенством своих обязанностей, за ведением метрических, приходо-расходных, обыскных книг и т. д. К сожалению, практика выборов благочинных, имевшая место в ряде епархий, в том числе и Средневолжских, – после церковной реформы Александра II, была отменена в 1881 году синодальным указом. Помимо благочинного, избирался и благочиннический совет, состоявший из 2–3 священников, помогавших благочинному в разборе дел. Под надзором каждого благочинного находилось от десяти до тридцати церквей с их причтами. Самарская епархия состояла из 54 благочинных округов, Симбирская и Пензенская из – 40.
Систему епархиального управления существенно оптимизировали благочинные и епархиальные съезды, которые стали собираться со второй половины 60-х гг. XIX в., в самый разгар эпохи либеральных преобразований. Предметом забот благочинных съездов являлись «обмен мыслями и опыта в области пастырского служения, изыскание мер к устранению недостатков в церковно-общественном строе жизни, выбор депутатов на епархиальные съезды». Постепенно «братское» обсуждение вопросов пастырской практики и проблем церковно-общественной жизни, т. е. Прихода, совершенно выпало из сферы компетенции благочинных съездов, и они потеряли самостоятельное значение. Круг полномочий епархиальных съездов, напротив, постепенно расширялся, и со временем они приобрели право обсуждать экономические и социальные вопросы, организовывать сословную взаимопомощь. Съезды хлопотали о строительстве новых домов для духовенства. В помощь бедным духовного звания ими были организованы общеепархиальные и окружные попечительства. В ведение съездов перешли приюты и богадельни для сирот священнослужителей. Кроме того, они оказывали помощь в создании благочиннических и даже епархиальных библиотек. Между тем, светские и церковные власти стали с подозрением относиться к инициативам со стороны приходского духовенства и постарались ограничить его самостоятельность, поставив проведение съездов под строгий контроль епископа. При таких условиях съезды далеко не всегда оказывались действенным инструментом епархиального управления.