Невозможно с уверенностью сказать, вспомнил ли император в 1906 г. заявления своего старого учителя. Однако понимание значения обер-прокуратуры в церковно-государственных отношениях России у него, без сомнения, было. Николай II не мог не сознавать, что низведение власти обер-прокурора до уровня императорского юрисконсульта по церковным делам скажется и на уменьшении императорского влияния в Церкви. В этом, как представляется, и заключена основная причина того, что искренние пожелания членов Предсоборного Присутствия были выслушаны, но не были исполнены.
Большинство членов второго отдела пришло к выводу, что главная цель – пастырская, то есть укрепление церковного авторитета, поднятие церковной жизни. Для того, чтобы осуществить эту цель необходимо, было урегулировать вопрос о перемещении архиереев с кафедры на кафедру. Для Русской Церкви это было очень непросто: все знали сколь часто епископы меняют места своего служения, переезжая с «бедной» кафедры на более «богатую» и наоборот – дело заключалось в том, поощряли архиерея или наказывали. Поэтому второй отдел признал перемещение допустимым лишь в исключительных случаях и лишь настолько, насколько его можно примирить со свободой избрания епископов.
Естественным можно считать и обсуждение вторым отделом проблемы расширения епископских полномочий, а также проектов реализации областного митрополичьего и епархиального управлений. Общее собрание столкнулось с вопросом: может ли митрополиту принадлежать право поставления епископа на кафедру, входящую в его округ, и какое участие в избрании епископа должны принимать клир и миряне? Дело было в том, что второй отдел предложил схему избрания епископов, которая не удовлетворила большинство членов общего собрания Предсоборного Присутствия. Суть ее заключалась в том, что епископ должен был выбираться шестью категориями выборщиков – священниками губернского города, представителями духовенства других городов губернии и сельскими клириками, избранными на благочиннических собраниях, настоятелями монастырей епархии, иеромонахами-служащими духовных учебных заведений и чиновниками консисторий, а также представителями от приходов (старостами и приходскими старшинами). Членам общего собрания показалось опасным доверять избрание епископов в том числе и мирянам: на революционном фоне это представлялось неоправданным. Поэтому нашли иную формулу: «Избрание епископов принадлежит собору епископов с митрополитом во главе при участии клира и мирян в указании кандидатов».
Центрами округов члены Предсоборного Присутствия признали: для Сибири – Иркутск, для Кавказа – Тифлис, для юго-западных епархий – Киев, для северо-западного края – Вильно, для центральных епархий – Москву, для приволжских и северо-восточных епархий – Казань и для северных – Петербург. Обсуждался и вопрос об устроении церковных дел на Кавказе. Однако в полной мере разрешить проблему митрополичьих округов было возможно лишь в том случае, если Церковь каким-либо способом решила бы главный вопрос – трансформировала свои прежние отношения с государством и получила независимость в проведении внутрицерковной политики.
Щекотливыми проблемами вынужден был заниматься