Исторически он оказался постепенно между двух огней – для русских националистов он был проводником опасного принципа, раскалывающего единую русскую нацию, ведущего к сепаратизму, в то время как для новых поколений украинских националистов он был «соглашателем», тем, кто подталкивает на путь «провансализации»: закономерно, что с 1880-х само понятие «украинофильства», связанное в первую очередь с Костомаровым, приобретает негативное значение, противопоставляясь «украинству» в смысле национального движения. Следует отметить, что со своей точки зрения Костомаров, последовательно и с негодованием отвергавший всякие обвинения в «сепаратизме», был прав – для него с 1850-х годов речь идет неизменно о том, как возможно достижение поставленных целей в рамках Российской империи, более того, ее миссия мыслится не законченной – так, во вступительной лекции в 1859 г. он говорит, что как «к единой истории свободной Греции будет всегда принадлежать судьба Фессалии и островов Архипелага, остающихся под властью Турции», так и, хотя «Червонная Русь в XIV веке выступила из политической связи с остальною Россиею, но судьба ее до тех пор будет принадлежать к русской истории, пока народ червоннорусский не потеряет русского языка и начал русской жизни» (
«Утихомирится вековая борьба русского мира с польским, научится народ уважать обычаи один другого, познается и услышится и разъяснится как должны между собой народы славянские соединиться, да поднимут великою силою и от векового сна Задунайщину – много чего можно сделать великого для Славянского мира через это дело южнорусское» (
А в 1878 г. с радостным удивлением сообщал Мордовцеву что настроения в народе по поводу русско-турецкой войны совсем не такие, как полагает столичная интеллигенция, и даже не такие, как думал он сам: