Система погружения и всплытия «Миноги» включала в себя: главные и вспомогательные балластные цистерны, центробежные помпы, водяные трубопроводы, клапаны и кингстоны, а также соответствующие приводы к ним. Всего на ней имелось восемь балластных цистерн различного назначения, расположенных симметрично относительно середины корпуса. Две концевые цистерны главного балласта размещались, как уже упоминалось, в легких оконечностях корпуса – носовая емкостью 9,5 т и кормовая – 8 т. Они заполнялись водой через клапан диаметром 120 мм посредством двух центробежных реверсивных помп системы «Мажино» производительностью 45-200 м
Дифферентные цистерны выполнялись в виде прочных цилиндров со сферическими днищами. Если говорить о сферических поверхностях, уже дважды упоминавшихся нами, то это было изобретением И.Г. Бубнова, который считал, что они обеспечивали требуемую прочность при меньшей массе по сравнению с плоскими (переборками, днищами), так как в этом случае металл работал на растяжение. Водяной дифферентовочный трубопровод был выведен в рубку, а трубы вентиляции от каждой дифферентной цистерны выводились в оконечность лодки на внутреннюю сторону переборки прочного корпуса.
Дифферентные цистерны были рассчитаны на максимальную глубину погружения. В погруженном положении они заполнялись по мере надобности, в частности, для создания у лодки небольшого дифферента (1-2°) на нос для лучшей управляемости при надводном ходе.
В нижней части прочного корпуса (48-59 шп.) под боевой рубкой располагались две средние балластные цистерны (носовая и кормовая) вместимостью по 2 т каждая, Они заполнялись через отливные кингстоны диаметром 152 мм, приводы которых были выведены в рубку. Носовая цистерна заполнялась при погружении полностью, а кормовая – частично с целью регулирования остаточной плавучести. В соответствии с современной терминологией, носовая цистерна – это «средняя цистерна, а кормовая – «уравнительная» цистерна. Продувание двух средних цистерн сжатым воздухом высокого давления позволяло лодке быстро всплывать в случае аварийной ситуации.
В нос и в корму от боевой рубки (33-49 шп. и 57-74 шп.) в надстройке размещались две палубные цистерны вместимостью по 4,0 т каждая, которые при погружении вместе с концевыми цистернами главного балласта полностью заполнялись водой. Они были рассчитаны на давление 0,5 кг/см
Остаточная плавучесть регулировалась посредством находившихся в кормовой части боевой рубки двух небольших цистерн суммарной вместимостью около 1,5 т, которые по мере надобности заполнялись ручной помпой.
При погружении «Минога» принимала в сумме около 29,0 т водяного балласта, при этом в уравнительную цистерну принималось такое количество балласта, чтобы у лодки оставалась положительная плавучесть в объеме корпуса рубки и выступающих частей мостика, после этого лодка переходила к движению под электродвигателем и уходила на нужную глубину посредством горизонтальных рулей.
Ко всем балластным цистернам на «Миноге» был подведен воздух высокого давления, поэтому водяной балласт мог быть продут из цистерн на любой глубине погружения. Во избежание случайного попадания воздуха высокого давления при закрытом кингстоне, что привело бы к разрыву цистерны, на всех приводах кингстонов имелись специальные краны, перекрывающие доступ воздуха в цистерну при закрытом кингстоне. В целом балластная система «Миноги», как видно, отмечалась простотой и надежностью, что являлось несомненной заслугой И.Г. Бубнова.