Новый министр внутренних дел и его союзники в принципе рассматривали реформы предыдущего режима как ошибку и были убеждены в том, что необходима большая централизация, что суды только мешают полиции, а в земствах работают болтуны, которых они вместе с судами считали настоящей оппозицией, но они не знали, какой политический курс следует избрать. Лишь постепенно добилась признания программа контрреформ, разработанная начальником канцелярии Министерства внутренних дел Пазухиным. Тем не менее это министерство раскачивалось долго. В первые годы Толстой не отваживался запретить газету «Голос», в которой либеральные бюрократы пропагандировали свои взгляды и обсуждали свои проекты. Пазухин был протеже Каткова и мог рассчитывать на поддержку влиятельного публициста.
Первые мероприятия касались укрепления общины, в 1886 г. был затруднен внутрисемейный раздел земли. В 1886 г. Министерство внутренних дел хотело обязать полицию возвращать назад сельскохозяйственных работников, покидавших места работы до истечения срока договора. Поскольку даже реакционер Победоносцев находил, что этот закон чересчур напоминал крепостное право, то проект был в значительной степени смягчен. Закон о переселении 1889 г. поставил его в жесткие рамки, чтобы не пострадали интересы помещиков. Через три года новый закон определил, что общие перераспределения внутри общины можно производить не чаще, чем раз в два года. Эта мера также была направлена на укрепление общины. По личной инициативе Александра III 14.12.1893 г. был издан закон, который определял, что крестьянские наделы в принципе не могут быть отчуждены и могут быть проданы только другой общине. Тем самым было отменено положение статута об освобождении крестьян 1861 г., которое делало возможным постепенный переход коллективной земли в частное владение. Одновременно был запрещен заклад крестьянской земли под ипотеку, а продажа земли другим крестьянам допускалась только при согласии двух третей членов крестьянского схода.
Уже в 1884 г. была ликвидирована независимость университетов, за отмену которой Толстой, поддерживаемый Катковым, боролся в последние годы своего пребывания на посту министра народного просвещения. Теперь ректоров и деканов назначал министр просвещения, а инспектор соответствующего учебного округа получил широкие права на вмешательство в дела университета. Инспектор по делам студентов отныне подчинялся не университету, а инспектору учебного округа. Министр мог также назначать профессоров. Время правления Александра III было единственным периодом, когда число студентов и гимназистов сократилось, и была сделана попытка снова в значительной степени ограничить доступ в рады студенчества представителен других сословий, кроме дворянства, увенчавшаяся успехом только в Санкт-Петербурге. С этим был связан и так называемый «Кучерский циркуляр», который гласил, что детям поваров, кучеров и пр. не полагается получать высшее образование, потому что оно только склоняет их к тому, чтобы подвергать сомнению естественный порядок собственности. Но и в политике в отношении университетов либеральный Государственный совет мог смягчить проекты реакционного министра народного просвещения. Ему удалось даже вопреки желанию самого Александра добиться того, чтобы политически неугодных студентов не забирали в армию в качестве наказания. Либералы в Государственном совете и среди бюрократии смогли также помешать тому, чтобы реальные школы снова стали чисто ремесленными и коммерческими школами, как этого хотели Делянов и Толстой. В вопросах образования Александр III поддерживал абсолютное меньшинство в Государственном совете: семь человек против подавляющего либерального большинства — 34 членов совета. С 1884 г. приходскими школами и так называемыми «школами грамотности» управляло Министерство духовных дел. Одновременно в этот период значительно выросло количество приходских школ. Для поддержки экономических интересов дворянства в 1885 г. был основан Дворянский банк, который должен был снабжать дворян дешевыми кредитами.