После битвы при Хаттине госпитальеры играли важнейшую роль в обороне латинских поселений. Это объяснялось не только тем, что они имели хорошую организацию и обладали земельными владениями в Европе, которые снабжали их всем необходимым. В их распоряжении находились значительные суммы наличных денег, в которых в то время у всех была острая потребность. По тем же самым причинам они пользовались тем, что феодалы здесь сильно обеднели. Богатство означало власть, и обнищавшее дворянство не могло бросить вызов их крепнувшей мощи. Показательны в этом отношении выступления представителей госпитальеров и тамплиеров на совете, собравшемся после смерти Генриха Шампанского. Ральф Тиверийский, предложенный в супруги Изабелле и тогда становившийся тем самым королем-консортом, был, по словам госпитальеров, недостаточно богат. Даже граф Генрих, владетель богатейшей Шампани, не мог позволить себе трапезовать каждый день. Сеньоры все чаще обращали свои взоры в сторону Кипра, богатствами которого они могли бы воспользоваться, чтобы восстановить свои состояния. Сирию же они оставляли духовно-рыцарским орденам.
Именно в это время проявился чисто утилитарный характер ордена. Политическое влияние госпитальеров и тамплиеров постепенно возрастало в результате их ответных мер реагирования на кризис в правительстве, когда во главе королевства не было реального вождя. Они оказались в очень непростом положении после ряда событий, сменявших друг друга, словно в калейдоскопе: смерть Балдуина IV, борьба за трон между Ги и Конрадом, смерть Генриха Шампанского и регентство Жана Ибелина, последовавшем за кончиной Амори II.
Следует упомянуть о том доверии, что питал король Ричард I Львиное Сердце к духовно-рыцарским орденам во время Третьего крестового похода. Ричард редко предпринимал какие-либо действия без предварительного совета с ними и всегда учитывал их интерес. Представители орденов были среди тех официальных лиц, которые от лица короля давали клятву при заключении договора с Саладином. И пока Ги и Конрад соперничали за власть в Иерусалимском королевстве, орденам уже была обещана значительная часть будущих государственных доходов. Во время Третьего крестового похода еще значительнее проявилась их роль в политике. В условиях отсутствия в королевстве твердой власти и при всеобщем его оскудении только они располагали материальными средствами и имели надежную организацию для реализации своих планов.
Великого магистра Жоффруа де Донжона сменил Афон-су, который был предположительно внебрачным сыном короля Португалии Афонсу I. Видимо, он проживал в Европе, впервые о нем упоминается в 1203 г., когда он пребывал во Франции. Великим магистром он стал еще до прибытия в Сирию или на пути туда; по крайней мере, в июле 1024 г. он уже был в Акре. Ничего не известно о его предыдущей карьере, но нет никаких причин полагать, что он был мирянином до своего избрания на высокий пост. Его правление, однако, было коротким и закончилось кризисом. Вплоть до 1299 г. у госпитальеров существовало негласное правило, запрещавшее созывать Генеральный капитул ордена вне пределов Иерусалимского королевства. Афонсу намеревался провести заседание капитула в замке Маргат в княжестве Антиохия и поэтому лишился титула магистра. В XIV в. появились другие версии его отставки: утверждали, среди всего прочего, что из-за отказа подчиниться его распоряжениям Афонсу сам ушел со своего поста. Ясно одно: 1206 г. был последним в его правлении. Он умер в Португалии 1 марта 1207 г., отравленный людьми из близкого окружения.
Статуты, опубликованные между 1204 и 1206 гг., вероятно, были отражением напряженной обстановки в ордене. Однако они имели большое значение и стали впоследствии едва ли не вторым уставом. Они знаменовали превращение ордена в международную организацию, имевшую две функции: попечение над больными и пилигримами и организацию вооруженных отрядов. Статуты определяли порядок выборов, властные полномочия магистра и главных администраторов, правила проведения заседаний Генерального капитула и правила монашеской жизни, внутренние дисциплинарные наказания, порядок ухода за больными братьями и правила организации провинциальных коменд ордена. Возможно, на их написание повлияла резкая активизация на тот момент законотворческой деятельности в Иерусалимском королевстве.