Ги де Лузиньян и Конрад Монферратский начали бороться за власть в королевстве сразу же после того, как Саладин освободил Ги. Вначале госпитальеры были склонны поддержать Конрада, хотя и не собирались обострять отношения с Лузиньяном. Однако имеется свидетельство, что со временем тамплиеры начали поддерживать Конрада, госпитальеры – Ги, что могло привести к конфликту между братьями обоих орденов. Такая резкая перемена в отношении к тем, к кому прежде проявляли лояльность, была следствием установления тесных связей между Великим магистром госпитальеров и английским королем Ричардом I, потому что последний поддерживал притязания Ги. Претенденты на власть договорились о том, что до тех пор, пока не будет решен вопрос о престолонаследии, определенная часть королевских доходов будет выделяться для нужд духовно-рыцарских орденов. Несмотря на то что доходы, оговоренные в соглашении, были скорее гипотетическими, чем реальными, не может быть никакого сомнения в важности этого решения. Когда возник кризис в управлении королевством, госпитальеры и тамплиеры взяли на себя часть административных функций – сбор таможенных пошлин и рыночных налогов. В 1185 г. к ним отошли крепости королевства, и они начали получать королевские доходы. Однако следует быть осторожным в оценках и не преувеличивать их значимость в этот период, когда шла борьба за власть. Но во времена политических споров духовно-рыцарским орденам было дано право администрирования части финансов короны, и благодаря этому они были представлены в правительстве.
Гарнье де Напль умер в 1192 г., и в январе 1193 г. Великим магистром стал Жоффруа де Донжон. В 1185 г. он был простым рыцарем, хотя, возможно, занимал также должность казначея ордена и в течение краткого времени был Великим командором в Палестине. Его правление продолжалось до конца 1202 г. Именно при нем орден был втянут в гражданскую войну за наследство, разгоревшуюся в княжестве Антиохия, а его земельные споры с тамплиерами были отмечены актами насилия. Несмотря на эти трагические события, в правление де Донжона и его преемника Афонсу Португальского орден имел значительную власть в Иерусалимском королевстве.
После смерти Конрада Монферратского королева Изабелла вышла замуж за Генриха Шампанского, который после этого стал правителем королевства. Но Ги де Лузи-ньян продолжал претендовать на трон, хотя в то время он уже правил на Кипре. В 1193 г. Генрих узнал, что пизанские купцы в Тире намеревались установить контроль над городом в интересах Лузиньяна. Он арестовал главарей заговора, распорядился сократить численность коммуны, и, когда пизанцы начали мстить, совершая набеги на деревни, расположенные на побережье, Генри изгнал их из Акры. Брат Ги, Амори де Лузиньян, который все еще был констеблем Иерусалима, вмешался в события на стороне пизанцев и был немедленно взят под стражу. Госпитальеры, тамплиеры и сеньоры приняли его сторону. Они заявили, что он человек влиятельный и принесет много вреда, если будет принужден участвовать в мятеже.
В 1202 г. магистры обоих орденов помогли папским легатам уладить споры о наследстве в княжестве Антиохии. Но еще ранее они повлияли на выбор нового правителя в Иерусалимском королевстве. Генрих Шампанский умер в 1197 г., и во многом благодаря им королем-консортом стал Амори де Лузиньян, бывший тогда королем Кипра. Сам Амори умер в 1205 г., и королева Изабелла ненадолго пережила его. И опять, как нам представляется, госпитальеры и тамплиеры сыграли ведущую роль в работе совета, вынесшего решение, что законной наследницей трона Иерусалимского королевства является Мария, дочь Изабеллы и Конрада Монферратского. Регентом при ней стал Жан (Иоанн) I Ибелин Старый (1206–1210). В 1208 г. госпитальеры, тамплиеры и братья нового духовно-рыцарского Тевтонского ордена присутствовали в собрании сеньоров Иерусалимского королевства, которое решило обратиться к королю Франции Филиппу II Августу за советом – кого выбрать в мужья совершеннолетней Марии. Тем временем папа Иннокентий III ввел практику, продолженную его преемниками, составления регулярных отчетов о положении в Святой земле, которые должны были составлять сирийские иерархи, тамплиеры и госпитальеры и передавать их в Рим. В то же время он и последующие папы дали орденам право решать вопрос об использовании и распределении папских субсидий.