Первыми в сражение с язычниками Прибалтики вступили рыцари ордена меченосцев. Инициатор создания этого военно-монашеского ордена Альберт фон Буксховден из епархии Бремена (избранный епископом Ливонии в 1199 году) мечтал создать на землях язычников Балтийского побережья независимое государство под единой папской властью. По его просьбе папа Иннокентий III в октябре 1199 года издал буллу, призывающую «христиан Саксонии и Вестфалии» примкнуть к крестовому походу «для защиты Ливонской церкви за прощение грехов». Услышав папский призыв, в апреле 1200 года в Ливонию потянулись многочисленные крестоносцы, чтобы поддержать епископа Альберта. Сочетая миссионерскую деятельность и колонизаторскую, епископ Ливонии основал в 1201 году город Ригу, который стал опорным пунктом его епархии. Многочисленные колонисты, пришедшие с севера Германии, главным образом из Бремена и Гамбурга, обосновались в городе, население которого росло, и вскоре город стал главным торговым портом региона. Но необходимо было обеспечить надежную защиту христианских поселений, непопулярных среди населения, в подавляющем своем большинстве язычников.
Как только крестоносцы, выполнив свой долг перед Церковью и Богом, вернулись к себе, епископ Ливонии всерьез задумался над тем, чтобы создать военно-монашеский орден, наподобие тех, что уже существовали в Святой земле, где убедительно доказали свою эффективность. Альберт послал своего брата Теодорика в Рим к папе, дабы сообщить о своем проекте. По возвращении Теодорика осенью 1202 года проект нашел свое воплощение в утверждении и организации военно-монашеского ордена Братьев воинства Христа, устав которого был официально утвержден в 1204 году папской буллой, которая предоставляла ордену те же права, что и ордену тамплиеров. Правда, братья нового ордена вошли в историю под другим названием — рыцарей ордена меченосцев — из-за белого плаща, на котором был изображен символ ордена — два красных меча.
Епископ Ливонии Альберт посчитал, что одного лишь присутствия рыцарей-меченосцев будет достаточно, чтобы умиротворить Ливонию. Но братьям-рыцарям пришлось туго, так как язычники, даже покорившись, постоянно поднимали восстания (вынужденные покориться язычники для вида принимали христианство, но в душе оставались верны своей старой вере). Так, например, в 1207 и 1212 годах крупные силы ливонцев и латышей пытались напасть на позиции ордена меченосцев, но были разгромлены.
Благодаря «Хронике Генриха Ливонского» мы располагаем достаточно подробным описанием войн, которые вел орден меченосцев в первые десятилетия своего существования, когда строились в основном деревянные замки. Эта рукопись представляет собой огромную ценность для исследователей, так как в ней детально описана тактика осады рыцарями ордена меченосцев языческих деревянных укреплений. Осадное искусство рыцарей-монахов сводилось к следующему. Меченосцы сначала разоряли округу, истребляя все местное население. Затем лучники и арбалетчики выводили из строя защитников внешней линии обороны крепости. Следующим шагом была засыпка рва, после которой начинался штурм стен. В ходе штурма часто устраивался пожар.
В качество примера можно привести кампанию 1211 года. Под Феллином (Вилиенде) в Эстонии находилась крепость саккалиев, где произошло ожесточенное сражение. Поначалу эстонцам удалось убить и взять в плен нескольких братьев ордена. Эстонцы надели на себя трофейные доспехи и шлемы, в которых ходили по стенам крепости. Но это не спасло обороняющихся. Рыцари с помощью арбалетов заставили эстонцев покинуть стены. Это позволило спокойно построить осадную башню: «Ливы и лэтты нанесли бревен и заполняли ров снизу доверху, а сверху надвинули осадную башню. Лэтты взошли на нее с баллистариями, многих на валу перебили стрелами или копьями и многих ранили. Великий бой длился пять дней. Эсты пытались поджечь первый ряд бревен, двинув из замка в санях большой огонь, но ливы и лэтты погасили его, засыпав льдом и снегом. Арнольд, брат-рыцарь, трудившийся там ночью и днем, был наконец убит камнем и переселился в мир мучеников. Был он человек очень религиозный, молился всегда, и о чем он молился, то, надеемся, нашел».