Неудачи преследовали и создателей крылатой ракеты Фау-1. Во время запусков скорость полета не соответствовала заданной, система управления не обеспечивала надежности и необходимой точности выхода на цель. Поэтому в то время, когда на заводах уже изготовлялись отдельные компоненты ракетных снарядов, запущенные в серийное производство, конструкторы все еще продолжали совершенствовать модели ракет и отдельные их узлы. В результате на заводы потоком поступали все новые изменения и дополнения к ранее разработанному проекту, что вносило путаницу, замедляло и осложняло массовое производство ракет. (В первоначальный проект Фау-2 было внесено 65 тыс. поправок.) Другим препятствием являлась сложность организации серийного производства ракет, требовавшая взаимодействия многих организаций и промышленных предприятий.
Грандиозные планы производства ракетного оружия привлекли внимание десятков германских фирм, почуявших гигантские прибыли. Крупнейшие монополии приняли участие в выполнении ракетной программы, в том числе такие, как «ИГ Фарбениндустри», «Миттельверке», «АЭГ», «Сименс» и др. О баснословных прибылях, которые получали монополии, связанные с производством ракет, свидетельствует контракт вермахта с фирмой «Миттельверке» на производство Фау-2, заключенный в октябре 1943 г. Договор предусматривал «производство 12 тыс. ракет А-4 с темпом 900 ракет ежемесячно, не включая электронного оборудования, боеголовок или другого оборудования, а также окончательная сборка этих 12 тыс. ракет, включая внутреннее оборудование, боеголовку и другое оборудование по стандартной цене 40 тыс. рейхсмарок за штуку. Общая цена 480 млн. рейхсмарок». Однако фактическая стоимость первой тысячи Фау-2 на заводе фирмы в Нордхаузене составила 100 тыс. марок за штуку, последующие 5 тыс. ракет — по 50 тыс. марок, не включая стоимости боевого заряда, сырья, горючего и навигационного оборудования. Вместе с этими затратами стоимость одной Фау-2 составляла 133,4 тыс. марок, а с учетом ассигнований на строительство и оборудование ракетного центра в Пенемюнде она возрастала до 300 тыс. марок. Погоня за заказами, связанными с производством ракет, велась в обстановке жестокой конкуренции между различными фирмами и обострившегося соперничества между конструкторскими бюро, разрабатывавшими Фау-2 и Фау-1.
В серийном производстве различных компонентов ракет приняло участие около 800 фирм, имевших заводы, разбросанные по многим странам Европы, оккупированным гитлеровцами. Так, только в районе Фрейбурга (южная Германия) компоненты Фау-2 производили 38 фирм, каждая по 200 рабочих. Сложное взаимодействие и конкуренция между фирмами, заводами, конструкторскими бюро, полигонами замедляли налаживание серийного производства ракет.
Кроме того, продолжалась и обострялась межведомственная борьба за контроль над производством А-4. «Комитет по А-4», созданный в рамках министерства вооружения, отвечал за серийный выпуск ракет, тогда как управление вооружения сухопутных войск несло ответственность за передачу в промышленность готовой к производству модели А-4. Поскольку конструкторов проекта преследовали неудачи и они никак не могли закончить разработку серийной модели А-4, комитет, который сам испытывал большие трудности с квалифицированными кадрами, материалами и оборудованием, обвинял руководство Пенемюнде в медлительности и нежелании форсировать доработку ракет.
Председатель комитета Дегенкольб требовал, чтобы все руководство разработкой А-4 было поручено ему, и даже предлагал создать специальную «фирму» с подчинением министерству вооружения, которая полностью отвечала бы и за доводку проекта ракеты и за ее производство. Главнокомандование сухопутных войск всячески противилось этому, желая сохранить контроль «чудо-оружия» за собой и иметь его в своем распоряжении, когда оно будет готово, опасаясь, что в противном случае ракету Фау-2 передадут ВВС. Осенью 1943 г. положение еще более осложнилось.
Гиммлер, который с весны 1943 г. пристально следил за ходом разработки ракетного оружия, намеревался взять все дело производства и применения ракет в свои руки. Благодаря его стараниям в сентябре 1943 г. руководство строительством ракетных заводов было возложено на бригаденфюрера СС Каммлера. Последний сразу же повел атаку и на Дорнбергера, и на Дегенкольба, обвиняя их в некомпетентном руководстве делом и даже в саботаже. Это имело целью подчинить ведомству Гиммлера все, что касалось создания, производства и использования ракетного оружия. В свою очередь, генерал Фромм, начальник управления вооружения сухопутных войск и главнокомандующий армией резерва, в том же месяце назначил Дорнбергера ответственным (помимо разработки проекта Фау-2) за формирование и обучение ракетных подразделений. Отсутствие единого руководства, обстановка интриг, доносов, конкурентной борьбы еще более осложняла ход разработки и развертывания серийного производства ракетного оружия.