Многократно упоминается Лобное место в Смутное время, когда Московское государство потрясали смена правителей, военные действия, грабежи, восстания. Последний год царствования царя Бориса Годунова – 1605-й. Русское государство встретилось с самой большой угрозой. Польша поддерживает и финансами, и военной силой самозванца, претендующего на московский престол под именем царевича Дмитрия Ивановича, сына Ивана Грозного, спасшегося в Угличе от рук убийц. В апреле царь Борис умирает и на престол всходит его сын Федор, юноша 20 лет. Армия Лжедмитрия с триумфом и победами приближается к Москве. В Москву прибывают его посланцы – Гаврила Пушкин (предок поэта) и Наум Плещеев, и именно с Лобного места они читают московскому люду грамоту с призывом переходить на сторону самозванца. В пушкинском «Борисе Годунове» целая сцена так и озаглавлена – «Лобное место». После чтения народ ломится в Кремль «вязать Борисова щенка», а узнав, что наймиты самозванца уже расправились с ним, в ужасе «безмолвствует».
Лжедмитрий въехал на Красную площадь и приблизился к Лобному месту, где уже стояло духовенство с иконами. Он сошел с коня, приложился к образам, но это торжественное событие было испорчено тем, что музыканты в этот момент грянули в бубны и трубы, заглушившие молебен.
Те же москвичи со злорадством смотрели на своего кумира, поверженного с высоты трона, лежащего близ Лобного места, растерзанного толпой, со скоморошьей маской на груди, дудкой во рту и волынкой под мышкой – припомнили ему иноземную музыку.
Князя Василия Шуйского вывели в 1606 г. из Кремля на Лобное место, где собравшиеся сторонники выкрикнули его царем. С Лобным же местом связана первая попытка свергнуть Шуйского с трона, предпринятая в феврале 1609 г. толпой его противников. Они ворвались в Успенский собор, схватили патриарха Гермогена и насильно потащили на Красную площадь, причем «ругахуся ему всячески, биюще сзади, инии песок, и сор, и смрад в лицо и на главу ему мешуще, а инии, за перси емлюще, трясаху зле его», вывели на Лобное место, заставляя признать незаконность избрания Шуйского, но патриарх, «яко крепкий адамант», не поддался и не подчинился требованиям заговорщиков.
Но вскоре вялого и нерешительного Шуйского свергли – бояре строили ковы против него, говорили ему: «Долго ль за тебя будет литься кровь христианская? Земля опустела, ничего доброго не делается в твое правление, сжалься над гибелью нашей, положи посох царский». Бояре вышли на Лобное место, вокруг которого собрались толпы народа, прослышавшего, что что-то делается в Кремле. Бояре и люди приговорили – свесть Шуйского престола: в июле 1610 г. его насильно постригли в монахи, а впоследствии Василий Шуйский был захвачен поляками, отвезен в Польшу, где и умер через два года.
После свержения Шуйского власть перешла к Семибоярщине, то есть к семи знатным боярам, и они, чтобы прекратить соперничество между враждебными группировками, решили, что лучше всего для Русской земли было бы пригласить на царский престол сына польского короля Владислава. Распри, однако, не прекратились, с Лобного места против королевича говорили и патриарх, и митрополит Филарет Никитич, но «люди посмеялись, заткнули уши чувственные и разумные и разошлись».
И наконец, Лобное место на Красной площади видело окончание многолетней Смуты, когда вся Русская земля зашаталась и пришла во «всеконечное разоренье», когда «кровь христианская междоусобная лилась многое время, встал отец на сына и сын на отца». Выборные от всей земли Русской в первое воскресенье Великого поста 21 февраля 1613 г. подали голос за Михаила Романова, и тогда рязанский митрополит Феодорит, келарь Троице-Сергиева монастыря Авраамий, архимандрит Новоспасского монастыря Иосиф и боярин Василий Морозов вышли на Лобное место и спросили у народа, сплошь заполонившего Красную площадь, кого они хотят в цари. «Михаила Федоровича Романова!» – был единодушный ответ.
В 1612 г., после победы над польским войском, две армии народного ополчения сошлись на Красной площади у Лобного места. Стоя на нем, молебен служил архимандрит Троице-Сергиева монастыря Дионисий, а из Спасских ворот в это время выходил крестный ход кремлевского духовенства во главе с епископом Арсением, несшим заступницу Русской земли Владимирскую икону Богоматери. «Вопль и рыдания раздались в народе, который уже потерял было надежду когда-либо увидать этот дорогой для москвичей и всех русских образ», – рассказывает историк С.М. Соловьев.
Привезенный из Углича гроб с телом царевича Дмитрия после встречи его где-то «в поле» стоял некоторое время на Лобном месте: «И пришедшу ему в нутренний град, и поставлен бысть на место горнее, еже нарицается Лобное, и ту нача многа чюдеса творити просящим с верою: слепым прозрение подает, хромым быстрое лечение…»