Григорий Потанин и Николай Ядринцев категорически отвергали всякую свою причастность к упомянутым прокламациям. Они протестовали, утверждая, что «местный патриотизм не может смешиваться с сепаратизмом» и что последний «есть только направление патриотизма при известных условиях».206
Однако срочно сформированной следственной комиссии не было дела до возражений подозреваемых, которых она допрашивала на протяжении долгих месяцев. Было собрано обвинительное досье, рассматривавшее как тексты прокламаций, так и содержание лекций либо статей, напечатанных в местной прессе. Кроме того, в распоряжении полиции имелось множество донесений, которые на протяжении ряда лет составлялись неким Поповым, предателем, посещавшим студенческие собрания в Петербурге. Оказалось, что за все эти годы ничто не укрылось от бдительного ока Третьего отделения. Некоторые современные историки даже не исключают, что радикальная прокламация, фигурировавшая в качестве главной улики на суде, была написана агентом Поповым с провокационной целью.207 На одном из допросов Потанину бросилось в глаза название лежащей перед ним папки: «Дело о злоумышленниках, имеющих целью отделить Сибирь от России и основать в ней республику, по образцу Северо-Американских Соединенных Штатов».208 Он понял, что надеяться было не на что и взял на себя главную вину, признав свою личную ответственность за этот «сепаратистский заговор», чтобы облегчить участь своих более молодых товарищей. Состоялось слушание дела. Во время заседания при закрытых дверях, дата которого осталась неизвестной, Сенат рассмотрел материалы следствия и вынес суровый приговор: 15 лет каторжных работ Потанину и трем другим активным участникам областнического движения, в их числе несчастному Щукину, который к тому моменту успел полностью лишиться рассудка. Десять лет заключения в крепости получил Фёдор Усов с одним из своих приятелей. Его брата Григория приговорили к 12 годам каторги, Ядринцева – к 10 годам. Несколько месяцев спустя, когда миновало три года с обыска в кадетском училище, решением Государственного совета сроки были сокращены. Тем не менее осужденным пришлось пройти через долгие годы каторги и ссылки, причем пятилетний срок Ядринцева был самым мягким. Тюремные власти неожиданно столкнулись с неведомой прежде проблемой: как правило, каторга и ссылка отбывались в Сибири, но что было делать в случае, если осужденные уже находились там? В конце концов было решено сослать их на север Европейской России, поскольку чиновникам службы исполнения наказаний ее климат показался наиболее близким суровому сибирскому климату. Ядринцев был сослан в Шенкурск Архангельской губернии, Потанин – в крепость Свеаборг под Гельсингфорсом, а затем в Тотьму Вологодской губернии, где жил под надзором полиции. Глава областников, которому энергии было не занимать, значительную часть срока, проведенного им в заключении, посвятил обширному исследованию одной из своих любимых тем о тюремном мире и системе каторги в России. Кому же, как не ему, подобало заниматься данной проблематикой?