Хомяков чувствовал свою ответственность за эффективность работы Думы. Он жаловался на те препоны, которые ставил законотворческой работе депутатов Государственный совет. Хомяков докладывал об этом императору без особой надежды, что это хоть как-то исправит положение. Председателя Думы возмущало отсутствие такта со стороны правительства. Неприятие накапливалось. К 1910 году он произносил фамилию Столыпина с явным раздражением.
Хомяков открыто не соглашался со многими решениями столыпинского кабинета. Это касалось ключевых вопросов правительственной политики. Так, Хомяков был противником аграрной реформы: у него был свой взгляд на деревню, соответствовавший славянофильскому наследию семьи. Он категорически возражал против репрессивной политики властей. 16 сентября 1909 года в интервью корреспонденту газеты «Речь» он, в частности, говорил:
Хомяков был независимым человеком. Он не следовал партийной догме, не подчинялся решениям начальства, не скрывал своих взглядов. Им стали тяготиться – в руководстве Думы в том числе. «Хомяковский период» работы Третьей Думы подходил к концу. Финал оказался весьма бурным. 2 марта 1910 года П. Н. Милюков в очередной раз выступил о внешней политике России в связи с обсуждением штата Министерства иностранных дел. Это был традиционный прием лидера кадетов. Бюджетные вопросы позволяли выйти на обсуждение проблем, формально не подлежавших ведению депутатов. Это поспешил отметить содокладчик Милюкова от бюджетной комиссии П. Н. Крупенский, процитировавший Основные государственные законы Российской империи: «Государь Император есть верховный руководитель всех внешних сношений».
Хомяков тут же осадил Крупенского: