Шидловский продолжал работать в банке до 1902 года. Когда же там сменилось руководство, он нашел себе новое применение: организационно обеспечивал работу Особого совещания о нуждах сельскохозяйственной промышленности. Шидловский участвовал в составлении общего свода трудов, писал всеподданнейший доклад С. Ю. Витте с изложением результатов деятельности этого учреждения.
В октябре 1905 года, на фоне пылающих поместий и бурлящих городов, Шидловский стал директором Департамента земледелия.
Чиновники требовали от начальства разрешения иметь огнестрельное оружие.
вспоминал С. И. Шидловский. В условиях полной дезорганизации власти ему приходилось брать ответственность на себя, действовать без санкции министра, вопреки инструкциям. И каждый день тюки бумаг шли ему на подпись – прежде всего циркулярные письма губернаторам.
Шидловский тяготился этой работой. Ему хотелось быть ближе к имению, в котором было небезопасно в условиях революции. Дабы спасти родовое гнездо, он нанял вооруженную охрану для защиты поместья. На государственную репрессивную машину надежды не было. Весной 1906 года он подал в отставку. Как раз тогда проходили выборы в Первую Думу. В ту кампанию ему удалось стать выборщиком, но не депутатом. Выборы во Вторую Думу принесли разочарование: успех Шидловскому не сопутствовал. Зато ему удалось стать депутатом Третьей Думы. На тот момент партийные группировки Воронежской губернии немного значили. Решающий голос был у земцев. Они надеялись достичь компромисса с крестьянами, но безуспешно. Тех раздирали внутренние противоречия. Они были не слишком надежным союзником. В итоге сложился союз земцев и духовенства. Он дал о себе знать и на выборах в Четвертую Думу.
С. И. Шидловский был одним из немногих активных депутатов, усилиями которых законотворческий механизм приходил в действие. Он состоял членом шести комиссий: чиншевой, об изменении законодательства о крестьянах, по упразднению пастбищных и лесных сервитутов в губерниях западных и белорусских, сельскохозяйственной, о мерах к охранению памятников древности. Однако максимальное внимание он уделял земельной комиссии. Со второй сессии Думы Шиловский стал товарищем ее председателя, а с 1911 года – председателем. Лето 1908 года он провел в трудах над докладом о Столыпинской аграрной реформе. «Работа эта доказывает, – писал С. И. Шидловский Н. И. Гучкову 25 августа 1908 года, – что закон есть возвращение к принципам положения 1861 года, и отказ от реакционной и, прямо скажу, крепостнической политики Толстого, Дурново, Плеве и К°…» В основу доклада Шидловский положил мысль о необходимости утверждения принципа частной собственности на землю. Причем, по его мнению, это понятие следовало интерпретировать в соответствии с современными на тот момент европейскими теориями. Собственность – это не подарок судьбы, это обязательство перед обществом.