Материалы поступлений основного фонда дают возможность судить о комплектовании собрания музея лишь с конца 1954 года. Анализ этих документов позволяет утверждать, что иконописное собрание МиАР можно хронологически и стилистически разделить на четыре основные части. Наиболее древней частью собрания стали немногочисленные иконы XIII – начала XVI веков
, увидевшие свет в период монгольского ига и в период образования централизованного Великорусского государства под руководством Москвы. Основная часть памятников этой категории поступила в МиАР во второй половине 1950-х – начале 1960-х годов Одной из древнейших икон собрания является поясной образ Спасителя ростовско-ярославской школы, написанный явно под влиянием греческих мастеров ещё в первой половине XIII века. Уже в конце 1954 года коллекцию музея пополнили «оглавный» образ «Святителя Николая Чудотворца» XV века и «Богоматери Владимирской» начала XVI века из Владимирского краеведческого музея. Наиболее ценным и крупным поступлением в МиАР среди памятников данной категории стали иконы, отобранные в Дмитровском музее и переданные в МиАР в ноябре 1959 года. Икона «Козьмы и Домиана» (XV в.); поясной образ Иоанна Предтечи (XV в.); иконы «Иоанна Богослова» с сорока четырьмя клеймами (XV в.) и Богоматери Смоленской (XV в.); два образа «Спаса в силах» (конца XV – начала XVI веков.); образ «Успения Богоматери» (начала XVI в.) пополнили тогда же собрание музея. В 1960 году из музея Самары в МиАР была передана икона «Святителя Николая, побивающего беса» – конца XV – начала XVI века; из Твери – икона «Николы Зарайского» с клеймами, икона «Праздников» – XV века[65]. К этой категории памятников относятся и редкие иконы тверской школы – образ святого апостола Павла из Деисусного чина конца XV века, образ Преображения Господня на горе Фавор начала XVI века и другие.Менее древнюю, вторую
, но не менее важную часть собрания МиАР составили иконы XVI – начала XVII веков. В массе своей они поступили из областных провинциальных музеев, но частично были приобретены в экспедициях или выкуплены у граждан. К таковым относится группа памятников, приобретенных экспедицией в Ярославской области в 1959 году под руководством Н.А. Дёминой, среди которых наиболее ценными оказались образы «Спаса в Силах», «Спаса на престоле» и четырех евангелистов. Группа памятников XVI века поступила в МиАР из Александровского и Самарского музеев также в I960 году. Тогда же из коллекции Н.В. Саблиной для музея был приобретен образ «Николы Можайского» письма XVI века. В первой половине 1960-х годов количество памятников эпохи XVI – начала XVII веков достигло примерно ста экземпляров. Одной из редчайших по своей иконографии в этой части собрания является икона «Сошествие во ад» первой половины XVI века, сюжет которой является наследием и воспроизведением древнейших апокрифических евангельских текстов эпохи раннего христианства.Более поздняя по происхождению третья часть собрания
памятников XVII века стала составлять значительную часть собрания МиАР, также с первой половины 1950-х годов. Наиболее крупным поступлением такого рода стала большая группа икон XVII века, переданная в 1954 году из Спасо-Евфимьева Суздальского музея-монастыря. Достаточно сказать, что в МиАР передавались Соборный и несколько других иконостасов с многочисленными образами апостолов и праотцов. Небольшими группами поступили иконы XVII века из Владимирского и Иосифо-Волоколамского музеев. Особенно ценными среди последних были образы «Входа Господня в Иерусалим» и «Богоматери Смоленской». В 1955 году из Калужского художественного музея поступила икона «Богоматери Тихвинской» с клеймами. Значительным приобретением стал иконостас Преображенского собора Соловецкого монастыря XVII века. Сюда же нужно отнести многие иконы мастеров русского Севера, строгановской школы. В 1961 году собрание МиАР пополнила группа памятников Истринского (Ново-Иерусалимского) музея. В дальнейшем эта категория памятников пополнялась небольшими группами в результате передачи из региональных музеев или за счет поступления из личных коллекций. Ярко представлена эта часть собрания рядом произведений, написанных в мастерских царя Иоанна IV Грозного. Их выделяет зелёный фон, и здесь преобладают сюжеты, связанные с жизнью и подвигом святого Иоанна Предтечи, в честь которого и был наречён первый русский царь.