Отец Лев был также возведен в сан архимандрита в октябре 1926 года и назначен настоятелем Феодоровского собора на Миргородской улице. Этот храм, возведенный в память 300-летия дома Романовых, являлся одним из крупнейших в северной столице. В нем были две трехпредельных церкви – верхняя и нижняя, вмещавшие соответственно 2000 и 1500 человек. Вскоре туда потянулись многие верующие, привлеченные благолепными уставными службами и глубокой назидательностью отца настоятеля, который собрал вокруг себя значительное количество интеллигентных людей, вошедших в число членов братства. Архимандрит Лев стал также исполнять обязанности благочинного, преподавателя и члена педагогического совета Богословско-пастырского училища, руководителем которого являлся отец Гурий (Егоров).
Несмотря на явные угрозы со стороны властей руководители братства продолжали готовить верных чад Церкви, способных продолжать их дело в условиях нового режима и распространять истины веры среди народа. Понимая, что душой христианства является монашество, богоборцы стремились к его полному уничтожению. Поэтому особой заботой отцов Гурия, Льва и Варлаама стала подготовка к иноческому постригу ряда их духовных чад. Под их окормлением работали кружки по изучению монашества, где изучались творения святых отцов и читались доклады по истории русского монашества XVIII–XIX веков – о преподобных Серафиме Саровском, Макарии и Амвросии Оптинских, святителе Игнатии Брянчанинове и других подвижниках благочестия.
К тому времени в городе уже существовали под видом общежитий две женские монашеские общины из числа братчиц, а вскоре приняли монашеский постриг в мантию наиболее подготовленные молодые люди.
Многие члены братства обучались в Богословско-пастырском училище, где по мнению «специалистов» из ГПУ «готовили врагов советской власти». Так было сфабриковано очередное «дело», по которому 27 мая 1927 года вновь арестовали архимандритов Гурия, Льва, епископа Григория (Лебедева), а с ними целый ряд братчиков и братчиц. На следствии все обвиняемые единодушно отрицали свою принадлежность к кружку «Ревнителей и ревнительниц истинного православия», который якобы организовали отцы Гурий и Лев при содействии наместника Александро-Невской Лавры епископа Шлиссельбургского Григория. По версии следствия члены кружка «должны были готовить массовые выступления против закрытия церквей», однако все надуманные обвинения доказать не удалось. «Дело» закрыли. Тем не менее арестованным пришлось целых полгода провести в тюрьме. Освободили их только 19 ноября 1927 года.
Предчувствуя новые гонения, отцы-основатели братства в назидание своим духовным чадам составили следующие наставления: «В храмы, где держатся богослужебного устава, ходить на буднях не реже 2-х раз в неделю. Исповедоваться у отцов, состоящих в братстве или близких к нему. Не оставлять Иисусовой молитвы. Каждый день читать Библию, Псалтирь и что-нибудь духовно-нравственное. Заботиться друг о друге».
Ожидания не обманули братию. 24 декабря 1928 г. был арестован по делу религиозно-философского общества «Воскресение» архимандрит Гурий (Егоров). На этот раз коллегия ОГПУ приговорила его к 5 годам лагерей. Отбывал он срок на строительстве Беломорканала. Затем последовала длительная ссылка в Среднюю Азию, после которой в 1945 году отец Гурий был назначен наместником возрождаемой Троице-Сергиевой Лавры и возведен в сан епископа. В 1945–1949 годах он состоял в переписке с преподобным Серафимом Вырицким, вплоть до блаженной кончины великого старца. В родной город воин Христов вернулся только в 1960 году уже в сане митрополита.
После ареста отца Гурия деятельностью братства продолжали руководить архимандриты Лев (Егоров) и Варлаам (Сацердотский). Отца Льва справедливо считали одним из лучших представителей ученого монашества. Тем не менее подходы руководителей братства к его работе довольно существенно отличались друг от друга.
Архимандрит Лев, не возражая принципиально против монашества, находил возможным его существование не уходя от современной светской жизни, то есть не меняя светского облика. Он призывал членов братства к широкой общественной деятельности, «направленной на внедрение христианства», поэтому предлагал повышать уровень светского образования и «учил сочетать культурную жизнь с верностью христианству». Члены братства – духовные чада отца Льва, в большинстве своем были люди интеллигентные или представители учащейся молодежи. По словам самого отца Льва, он «считал необходимым в изменившихся к худшему внешних условиях готовить образованных молодых людей к принятию тайного монашеского пострига, с тем, чтобы они, живя в светской среде, и, работая в гражданских учреждениях, боролись за Церковь и несли Слово Божие в массы».