После того как различные правительства, появившиеся в России, не признали «Алашорду», тургайские алаш-ордынцы пришли к соглашению с большевиками, что привело к их помилованию большевиками и переходу остатков Алашской армии на сторону большевиков. Позже всех к большевикам примкнули «Западная Алашорда», Семей, алашординцы Семиречья. Указ Казахского революционного комитета о роспуске «Западной Алашорды» в марте 1920 года означал окончательный роспуск «Алашорды». Потому что к 1920 году «Алашорда» полностью прекратила свою деятельность{124}
В 1922–1926 гг. Дулатов преподавал в Казахском народном институте просвещения в Оренбурге; работал в судебных организациях Петропавловска и Семипалатинска, в органах печати в Кызыл- орде. В 1922 г. вышел очерк, посвященный жизни и творчеству А. Байтурсынова.
В 1928 г. Дулатов резко выступил против отмены арабского алфавита, считая языковую реформу средством разорвать связи народа с письменной историей народа, которая положит начало потере родного языка, отчуждению народа от собственной истории.
29 декабря 1928 г. Дулатов, как и остальные бывшие руководители Алаш-Орды был арестован по обвинению в казахском национализме и убийстве активного участника установления Советской власти в Казахстане Амангельды Иманова. «На страницах 12 томного дела расследования касательно Алаш-орды есть объяснение, собственноручно написанное Миржакыпом Дулатовым на русском языке. „Я виновен в смерти Амангельды Иманова. Но я лично сам не убивал его. Я понимаю свою ответственность. Потому что, мы заключили Амангельды по подозрению. После того, как мы услышали весть о том, что с Кустаная едут отряд красноармейцев, я вместе с частью отряда вышел им навстречу в 30 километрах от Тургая“, — написал он. Иными словами, когда был убит Амангельды, Миржакыпа не было в городе»{109}
.Дулатов отсидел в Бутырской тюрьме два года, в 1930 г. приговорен к расстрелу. Приговор был заменен на 10 лет лагерей. Его сослали в лагерь на Соловки. Здесь Миржакипа узнал философ и священник Павел Александрович Флоренский, имя Дулатова уже было в «Литературной энциклопедии», и устроил его фельдшером, спасая от тяжелых работ. Мустафа Шокай пытался устроить Дулатову побег из Соловков, когда туда зашло торговое судно из Франции, но арестант отказался, боясь за судьбу семьи.
5 октября 1935 г. Мыржакып Дулатов скончался в Центральном лазарете Сосновецкого лагеря и был похоронен на вольном кладбище.
В 1988 г. он был реабилитирован. Инициатором реабилитации стала его дочь Гульнар (1915–2013). Однако фактическая реабилитация состоялась лишь в апреле-мае 2004 г., когда прокуратурой г. Алматы родственникам была выдана официальная справка о реабилитации Дулатова в соответствии со ст. 14 Закона Республики Казахстан «О реабилитации жертв массовых политических репрессий».
В 1990 г. Правительством Республики Карелия была создана специальная комиссия, которая идентифицировала останки Мыржакыпа Дулатова на основании свидетельств местных жителей, фактов и документов. В октябре 1992 г. останки Мыржакыпа Дулатова были перевезены на родину и с почестями захоронены в ауле Бидайык Жангелдинского района Торгайской области (ныне Костанайская область).
Многие казахи преследовали дочь Миржакыпа Дулатова. Во время компании по борьбе «с буржуазными националистами и безродными космополитами» его дочери Гульнар Дулатовой не дали защитить кандидатскую диссертацию. Гульнар вспоминала, как однажды на улице бросилась навстречу одному известному человеку, который до ареста отца часто бывал в их доме. Он, холодно отстранившись, попросил ее больше никогда не подходить к нему. Однажды, один из находившихся на лечении в совминовской больнице «крупных» ученых, узнав, что Гульнар Дулатова работает здесь консультантом, тут же настрочил донос: кто позволил дочери «врага народа» лечить «цвет нации»?
В то же время, было немало казахов, помогавших дочери Миржакыпа Дулатова, которая прожила 97 лет. Один из них Каныш Имантаевич Сатпаев (доктор геолого-минералогических наук (1942), профессор (1950), академик АН Казахской ССР (1946), действительный член АН СССР (1946), первый президент Академии наук Казахской ССР. Один из основателей советской металлогенической науки). Именно он помог ей выбрать профессию. В то время, когда М. Дулатов находился в заключении и все другие знакомые отвернулись от его семьи, он часто посещал семью Миржакыпа. Он посоветовал Гульнар поступать в Томский медицинский институт. «Не бойся говорить, что отец сидит в Бутырской тюрьме, Сибиряки привыкли к ссыльным, они на это не обратят особого внимания». Гульнар поехала учиться в Томск. Потом учебу пришлось прервать из-за семейных обстоятельств и завершать образование в Ташкенте и Алма-Ате.