Шакарим изучал труды западных философов Платона, Демокрита, Камиля, Герберта Спенсера и др. и писал философские трактаты — «Мусульманство», «Родословная» (1911), «Три истины». На написание рукописного трактата «Три истины» ушло тридцать лет. В трактате представлен триединый подход к пониманию мира: материализм, теология и совесть. Их суммарность открыла Шакариму тайну истины: суть бытия живет в душе каждого человека — его совесть, что является первостепенной потребностью человеческой души.
К философской лирике Шакарима специалисты относят его работы «Зеркало казахов», «Калкаман-Мамыр» и «Енлик-Кебек», в которых Шакарим неоднократно обращается к темам самопознания человека, к идее его духовного совершенствования, сохранения внутренней свободы как обязательного условия для развития личности. Вокруг этих идей вращаются поэтические размышления Шакарима в духе суфизма о жизни и смерти, этических идеалах и ценностях человека и современного общества («Записки Забытого», «Нартайлак и Айсулу» и «Смерть Кодара»).
С этими мотивами лирики неразрывно связаны размышления поэта о личности человека и пути ее формирования. Шакарим Кудайбердиев отказывается от революционных изменений в индивидууме.
В поэзии и философских размышлениях он высказывал мысль о необходимости внутреннего перерождения человека путем облагораживания души и формирования духовных потребностей. В «Саде подснежников» мыслитель указывает на необходимость нравственного воспитания молодежи и усмирения ее эгоистических порывов. Тогда родится свободная и высокоморальная личность{63}
.После октябрьского переворота 1917 г. Шакариму Кудайбердиеву импонирует процесс национального возрождения, охвативший казахскую интеллигенцию. Поэтому он ненадолго становится участником национально-освободительного движения «Алаш» — в 1917–1918 гг. работает в уездном земстве и Алашском суде. Однако, вскоре, увидев беспрерывные интриги националистов, их мышиную возню и беззастенчивую тягу к личной власти, он вновь возвращается к отшельнической жизни в горах Чингистау (с1922 г. поэт жил в местечке Шакпан в горах Чингистау).
В 1925 г. в горах Чингистау в 15 километрах от своей зимовки Шақпақ, он построил дом, в котором жил, целиком посвятив себя творчеству. До конца своих дней он жил в полном одиночестве, занимаясь только писательской деятельностью.
В сентябре 1931 г. в Семипалатинской области вспыхнуло восстание казахов. Поводом послужила всеобщая коллективизация с насильственным изъятием в колхозы всего наличного скота. Всех кочевников согнали в одно место, сотни юрт поставили в одну улицу, назвав ее Коммунистической. За пару недель скот съел всю близлежащую растительность и начался падёж. Вслед за этим начался голод. Сотни обезумевших людей схватились за дубины, но не смогли взять даже районный центр «Караул». На подавление бунта голодных людей из Семипалатинска прибыл отряд НКВД под командой начальника ГПУ Чингистауского НКВД Абзала Карасартова. Безоружный народ разбежался после первых выстрелов. Вылавливание беглецов продолжалось почти месяц. Каратели никого не щадили{26}
.Существует версия, что первоначально восставшие обратились к Шакариму, который им сказал: «Вы напрасно это затеяли. Советскую власть сейчас, на ее 14-м году безраздельного правления, не одолеете. Погубите себя и ваших детей, много крови прольется. Лучше откажитесь от выступления». Но его не послушались{26}
.Существует несколько версий убийства чекистами Шакарима. Согласно одной из них, Абзал Карасартов, получив сведения от агентов о передвижении Шакарима, устроил засаду с двумя подручными. «Утро 2 октября 1931 года выдалось пасмурным и туманным. Семидесятитрехлетний поэт спустился с небольшой сопки в сопровождении сына Зията и еще одного аульчанина. Старик шел пешком, держа в поводу своего коня, а спутники были верхом на лошадях. Все трое, не подозревая, шли прямо на засаду. Когда они оказались близко, Карасартов дал команду своему подопечному, начальнику районной милиции Халикову, сразить первым пешего. Грянул прицельный выстрел… И Шакарим с тымаком на голове вскрикнул, опустившись на колени. Всадники быстро развернулись, и следующие пули их не достали. Халиков, Карасартов и милиционер Абдраим Шаробаев подошли к Шакариму. Тот узнал их и простонал: „Не стреляйте, вы же люди, вы же мусульмане! Отвезите меня к представителям власти. За что же мне такое наказание?“. Халиков и Шаробаев растерялись — не каждый день приходится убивать любимца всего народа. А Карасартов не дрогнул. Он заорал: „Идиоты, чего вы стоите?! Вот он перед вами — главный бандит, вдохновитель всех этих бунтовщиков. Стреляйте, пора заткнуть ему глотку, стреляйте же!“. Халиков поднял винтовку и выстрелил. Поэт вскрикнул последний раз и затих…
Так был убит Шакарим Кудайбердиев. Тело его сбросили в старый колодец. Убийцы думали, что тем самым сотрут из памяти людей его имя и следы преступления. Но не получилось. Нашелся человек, который через тридцать лет показал Ахату Шакаримулы тот колодец, в котором лежали останки его отца.