Через много лет племянница Ивана Ивановича напишет: «…скитание по меблированным комнатам ему страшно надоело, и он всей душой предался семье и своему хозяйству. Для своих детей это был самый нежный любящий отец, особенно пока дети были маленькие. Евгения Александровна была простая и хорошая женщина, и годы ее жизни с Иваном Ивановичем прошли в тихой и мирной работе. Средства уже позволяли иметь скромный комфорт…» Рождение детей стало, однако, серьёзной нагрузкой для хрупкого здоровья Евгении Александровны. Признаки поселившегося в ней ещё до замужества туберкулёза принимали всё более угрожающий характер. И работая над заказанной ему серией акварелей с видами Нижнего Новгорода, Иван Иванович не без повода очень тревожился о состоянии здоровья супруги. Не радовали его и вести из родительского дома, болел отец, так что лето 1871 года Шишкин с семьёй провёл в Елабуге.
Следующим летом, вместе с Шишкиным и Савицким выехав на пленэр в местечко близ Луги, Крамской наблюдал, как одержимо, обстоятельно трудился Иван Иванович. Отыскав интересный для себя вид, Шишкин старательно готовил место для предстоящей работы – обрубал мешавшие обзору сучья, отгибал заслонявшие панораму деревья. Из найденных тут же стволов, веток и мха мастерил сиденье и мольберт. Прямо с натуры в Луге была написана «Лесная глушь», принесшая автору картины звание профессора.
Всё обещало неуклонный рост творческого и жизненного благополучия живописца, но леденящий ветер судьбы пронёсся над нежным цветком безоблачного шишкинского счастья и погубил его, унося с собой во мрак небытия близких людей художника. Первым, в 1872 году, ушёл в мир иной Иван Васильевич Шишкин, в следующем году умер маленький Владимир. Мимолётной вспышкой радости в череде горестей стало рождение в мае 1873-го сына Константина, названного в честь Савицкого, ставшего крёстным мальчика.
Тем летом Крамской, Шишкин и Савицкий повторили опыт совместных летних трудов, на этот раз на станции Козлова Засека, что под Тулой. Иван Иванович вновь был неутомим, и стена общей мастерской художников вскоре покрылась его многочисленными этюдами и рисунками. Ну а в сентябре безжалостная смерть продолжила свою жатву в семье Шишкина. В Крыму сгорел в чахоточном огне 23-летний Фёдор Васильев. Смерть безмерно талантливого молодого художника горько оплакивали все, кому посчастливилось соприкоснуться с искусством этой необыкновенной личности. После кончины Васильева Крамской напишет Владимиру Стасову: «Вам известно, что он не был учеником Академии и не ей обязан своим развитием, а Шишкину». И заметит: «Трудно сказать, в каком бы направлении пошло развитие Васильева, если б не встреча с Шишкиным».
Иван Иванович поддержал Крамского в устройстве посмертной выставки произведений покойного родственника, ученика, друга и внёс свою лепту в дело погашения его долгов. Все эти хлопоты происходили на фоне угасания Евгении Александровны. В марте 1874 года любимая жена Шишкина скончалась.
На руках убитого горем художника осталось двое детей. Спустя месяц, чтобы как-то прийти в себя, Шишкин вместе с детьми и двенадцатилетним братом покойной супруги присоединился к художникам, облюбовавшим прекрасную дачную Сиверскую. Но дивным живописным местам оказалось не под силу вернуть Ивана Ивановича к полноценному творчеству, скорбь терзала его сердце. За лето Шишкин ни разу не взял в руки кисть, только бродил по лесу и понемногу приобщался к фотографированию, в котором разглядел отличного помощника пейзажиста. «Иван Иванович… какой-то стал шероховатый, окружён своей прежней компанией, занят фотографией, учится, снимает, а этюда и картины ни одной, – делился своей тревогой Крамской. – Не знаю, что будет дальше, а теперь пока не особенно весело. Впрочем, это натура крепкая; быть может, ничего».
Частенько на Шишкина накатывали приступы горестного отчаяния, водка помогала ему забыться, и к её услугам он стал прибегать всё чаще. Многолюдная Сиверская провоцировала коллективные возлияния, с соответствующими для такого досуга последствиями. Вернувшись в город, Шишкин уже не нуждался в компании, пил дома. Несчастная тёща художника, за год схоронившая двоих детей, поселилась в квартире зятя и вместе с ним искала утешение в алкоголе. К своему разрушительному действию выпивка приступила незамедлительно. Она отдалила от Шишкина Крамского – одного из немногих, чьим мнением Иван Иванович очень дорожил, истрепала характер художника, сблизила с друзьями юности, страдавшими той же слабостью и уже успевшими опуститься на социальное дно. От той же участи Шишкина уберегли физическое здоровье, честолюбие, ревностно стоявшее на страже уже достигнутого успеха, безграничная любовь к природе и искусству. Но беды, предназначенные художнику судьбой, ещё не были исчерпаны. В 1875 году умер его младший сынок – Константин. У Ивана Ивановича осталась только дочь Лидия. О той мрачной жизненной полосе с чередой потерь Шишкин вспоминал с содроганием: «Белый свет померк, всё, как в чёрно-белой гравюре, лишилось цвета».