4 декабря после устранения всех повреждений авианосец вновь вышел в море, но на этот раз в учебных целях: необходимо было готовить новых летчиков и подтянуть учебно-боевую подготовку всего экипажа и личного состава авиагруппы. Подготовка проходила в районе острова Эспириту-Санто — крупнейшего острова в архипелаге Новые Гебриды — и завершилась фактически только 28 января 1943 г., когда корабль был направлен в очередной раз к Соломоновым островам. 30 января самолеты «Энтерпрайза» обеспечивали воздушное прикрытие кораблей крейсерско-миноносной группы ВМС США в ходе сражения у острова Реннелл в южной части Соломоновых островов. Несмотря на то что американские истребители сбили много японских бомбардировщиков, полностью обезопасить свое корабельное соединение им не удалось: японские авиационные торпеды потопили американский крейсер «Чикаго» (USS Chicago, СА-29). «Энтерпрайз» же 1 февраля вернулся к острову Эспириту-Санто и в течение последующих трех месяцев действовал в прилежащем районе, обеспечивая воздушное прикрытие американских корабельных групп и соединений (кстати, в отечественной литературе почему-то утверждается, что он в это время проходил ремонт на территории самих Соединенных Штатов, но на самом деле в ремонт он встал намного позже).
27 мая 1943 г. авианосец, уже находившийся к тому времени в главной военно- морской базе Перл-Харбор, был удостоен весьма престижной награды — благодарности, выносимой кораблю (воинской части или соединению) в приказе Президента США (в оригинале — Presidential Unit Citation). Об этом экипажу корабля и всему личному составу базы объявил знаменитый американский адмирал Честер У. Нимиц (Admiral Chester W. Nimitz).
Только 20 июля 1943 г. корабль вошел в док военно-морской верфи «Пугет Саунд» (Puget Sound Navy Yard) в городе Бремертоне, штат Вашингтон, для выполнения ремонта и частичной модернизации. Среди прочего на корабле установили були (для улучшения остойчивости, нарушенной из-за увеличения массы верхней част и корпуса — следствие установки новых систем вооружения и технического обеспечения), из-за чего его ширина возросла до 29,1 м, а скорость максимального хода незначительно уменьшилась. Также на корабле смонтировали новые радиолокационные станции SC-2, SK и SM, а также несколько станций управления огнем корабельной артиллерии В строй «Энтерпрайз» вернулся только в середине ноября того же года.
В период с 19 по 21 ноября 1943 г корабль обеспечивал воздушное прикрытие и непосредственную авиационную поддержку во время высадки десанта американских морских пехотинцев на небольшой островок Макин — самый северный атолл в группе островов Гилберта. 26 ноября «Энтерпрайз» отличился тем, что его самолеты совершили первую на Тихоокеанском флоте ВМС США ночную атаку: три истребителя, взлетевших с авианосца, в результате внезапной атаки уничтожили достаточно большую группу вражеских бомбардировщиков на одном из островных полевых аэродромов. Позднее, 4 декабря 1943 г., самолеты «Энтерпрайза» нанесли массированный удар по атоллу Кваджалейн, после чего спустя 5 суток корабль вернулся в Перл-Харбор.
Следующая операция, в которой принял участие «Энтерпрайз», проходила в период с 29 января по 3 февраля 1944 г.: в составе оперативного соединения TF-58 авианосец обеспечивал высадку морской пехоты на атолл Кваджалейн. Сразу же после этого данное соединение направилось к Каролинским островам с задачей нанести удар по японской военно-морской базе на островах Трук. В ходе атаки базы 17 февраля 1944 г бомбардировщики и торпедоносцы с «Энтерпрайза» впервые на Тихоокеанском флоте ВМС США предприняли ночной штурмовой удар, при этом наведение самолетов на цель осуществлялось по радио и по данным корабельных средств радиолокации. В результате удара 12 самолетов из состава авиагруппы «Энтерпрайза» записали на свой счет не менее трети из тех кораблей и судов, которые были потоплены в ходе авианалета самолетов американского авианосного соединения (в операции участвовали самолеты и с других авианосцев). Всего же японцы потеряли в тот день кораблей и судов общим водоизмещением около 200 тыс. т!
После завершения операции в районе островов Трук на авианосце получили приказ выйти из состава оперативного соединения TF-58 и самостоятельно следовать для нанесения бомбового удара по объектам противника на атолле Ялуит, что и произошло 20 февраля. Затем «Энтерпрайз» направился вначале к острову Маджуро в южной части Маршалловых островов, а затем — к острову Эспириту-Санто.