25 марта 1945 г. «Кавалла» прибыла в Субик-Бей (остров Лусон, Филиппинские острова), где сразу же встала на ремонт, в то время как экипажу организовали экскурсии в Манилу, а командир субмарины на два дня убыл в Миндоро и совершил 12-часовой полет над Французским Индокитаем на патрульном бомбардировщике PB4Y-2 «Приватир».
20 апреля 1945 г. «Кавалла» вышла в свое пятое дальнее плавание, получив задачу выполнять патрулирование в акватории Южно- Китайского и Яванского морей. Поход занял 38 суток, включая 30 суток – на позиции в назначенном районе. Этот поход прошел еще более буднично, чем предыдущий: подводники остановили и досмотрели несколько судов, но все они оказались дружественными. Единственными неприятностями, которые постигли американцев на этот раз, стали два случая заклинивания рубочного люка, из-за чего в подлодку при погружении поступала вода. 21 мая американцы встретили британскую субмарину «Террапин», которая 19 мая во время атаки японского танкера подверглась массированной атаке кораблей охранения противника с применением глубинных бомб и получила повреждения, так что не могла погрузиться, а скорость ее надводного хода упала до 10 узлов. «Кавалла» сопровождала «Террапин» по Яванскому морю, Ломбокскому проливу и далее до западной Австралии.
По прибытии 27 мая во Фримантл британская подлодка была признана негодной к восстановлению, и в июне 1946 г. ее утилизировали. А «Кавалла» до 24 июня проходила ремонт и затем вышла на Гуам с грузом торпед, куда прибыла 8 июля 1945 г.
5 августа 1945 г. она вышла в свое шестое и последнее за Вторую мировую войну боевое патрулирование, причем на этот раз ей предстояло действовать в акватории японских островов – сердца японской метрополии. Общая продолжительность этой боевой службы составила 36 суток, из них на позиции в назначенном районе – 21 сутки. Поход прошел без каких-либо значимых событий, исключая едва не закончившуюся трагически встречу «Каваллы» с четырьмя американскими эсминцами вскоре после полудня 13 августа в 50 милях от острова Хонсю. Обе стороны сначала приняли друг друга за противника, а эсминцы, обнаружившие подлодку на дистанции 9000 ярдов (около 8230 м), устремились на нее в атаку и лишь на дистанции 3000 ярдов (около 2740 м) разобрали ее опознавательные сигналы и отвернули в сторону, предоставив «Кавалле» возможность продолжить поиск противника.
Впрочем, уже 15 августа командир подлодки принял радиограмму от командующего подводными силами Тихоокеанского флота о том, что боевые действия окончены, и получил «добро» на завершение боевого патрулирования.
На тот момент «Кавалла» находилась в 25 милях от маяка Инубосаки (мыс Инубо, остров Хонсю), причем компанию ей составили три американских истребителя. Вскоре после этой радиограммы, в 11 ч 46 мин, американские самолеты убыли обратно на свой авианосец, оставив подводников в одиночестве. Всего 15 мин спустя подлодка подверглась атаке неопознанного самолета, который был обнаружен РЛС подлодки на дистанции около 6 миль. Однако экипаж субмарины не предпринимал каких-либо активных действий по уклонению от атаки, а самолет тем временем, выйдя на подлодку с носовых курсовых углов, с высоты около 1500 футов (около 460 м) неожиданно спикировал на «Каваллу» и сбросил 50- или 100-фунтовую авиабомбу (22,5 кг или 45 кг). Американцы дали полный вперед и приготовились к погружению, а бомба упала примерно в 100 ярдах (91,44 м) от кормы. Самолет не обстрелял подлодку из пулеметов или пушек, как обычно делалось на проходе, но уйдя за корму «Каваллы», начал разворот для новой атаки. Косслер решил не испытывать судьбу дальше и погрузился под воду. Больше атак не последовало. После того как подлодка всплыла вновь в надводное положение, ее командир радировал в штаб, отметив, что, видимо, «японские ВВС не получили еще информацию о том, что война окончена».
30 августа 1945 г. «Кавалла» и еще десять других подлодок в сопровождении эскортного эсминца направились в Токийский залив. Она вошла в залив 31 августа и ошвартовалась у борта новейшей плавбазы подводных лодок «Протеус» (AS-19), где и оставалась в момент подписания японцами акта о безоговорочной капитуляции 2 сентября 1945 г.