Первая попытка решить проблему украинского казачества принадлежала польскому королю Стефану Баторию. Он попытался упорядочить казачество, которое уже страшилась Польская Корона. «Желающих» казаков записали в новый реестр, а затем разделили на шесть полков. Число реестровых казаков колебалось от нескольких сот до нескольких тысяч. Они получили свою старшину и свой суд. Казачьего гетмана выбирали сами казаки, его утверждал или нет польский король. Казацкой столицей стал город Трахтемиров у Канева. Там с 1578 года появились арсенал и госпиталь.
Баторий воевал с московским царем Иваном IV. Ему было нужно, чтобы казаки не трогали турок и татар, с которыми Речь Посполитая подписала мир. Однако его инициатива привела не к тем последствиям, которые ожидал Стефан Баторий.
Городами реестровых казаков стали Киев, Белая Церковь, Корсунь, Константинов, Черкассы, Бар, Чигирин, Кодак, Ямполь, Брацлав, Винница, Умань, Чернигов, Лубны, Переяслав, Фастов. Однако несколько десятков тысяч казаков лишились своих прав и привилегий и должны были перейти в крестьянское сословие — «поспольство». Казаки должны были стать крепостными польских панов. Не попавшие в реестр казаки пошли не к панам, а на Запорожскую Сечь. Запорожцы смеялись над запретом Батория выбирать себе кошевого атамана. Посланцев короля, приехавших за казацкой свободой, быстро утопили в Днепре. Из-за королевской глупости число запорожцев быстро достигло двадцати тысяч. С конца XVI века украинские казаки разделялись на городовых, реестровых и запорожских, низовых. К этому времени у запорожцев уже были свои земли.
Низ, или Запорожье составляли земли, лежавшие по обе стороны Днепра, ниже его порогов до Черного моря. Охота и рыбная ловля давали запорожцам почти все. В степи и плавнях было множество кабанов, медведей, волков, лисиц, барсуков, буйволов, выдр, диких лошадей, оленей, ланей, коз, куропаток, множество птиц, тетеревов, лебедей, гусей, уток, журавлей, соколов, ястребов, орлов. В Днепре и других реках водились осетры, севрюги, сомы, стерляди, лини, щуки, тарань, чабаки, окуни, ерши, судаки, плотва, язи, сельди.
Дорог на Низу не было никаких, только степь и Днепр. Паны даже не пробовали туда проникнуть. Запорожье от украинских черноземов отделяло Дикое поле, тянувшееся на западе от притока Буга реки Синюхи до правого берега Днепра и далее к югу. Только некоторые места около воды имели траву, там водилась дичь и рыба. Остальная степь была совершенно бесплодна.
Центром запорожских земель была укрепленная Сечь — Сича, располагавшаяся на Хортице, Базавлуке, Томаковке, Чертомлыке. Запорожцы для Сечи всегда выбирали неприступные места. Всегда с юга от Сечи лежала сеть плавней, с севера находился лиман, с запада — какая-нибудь река. Зимой запорожцы разбивали лед у берегов острова, чтобы неприятель не мог напасть на Сечь по льду.
Запорожцы искали удобное место, вырубали на нем лес, из которого изготавливали бревна для частокола. Отсюда и произошло само название «Сечь». Ее окружал ров, земляной вал и частокол, с выходами к воде. Когда турецкий султан прислал у запорожцев спросить, сколько их, ему ответили: «У нас, что куст, то казак, а где байрак, то там сто казаков».
Структура и управление украинского казачьего войска складывались десятилетиями и при
Богдане Великом приняли стройную организацию и систему. До 1648 года польские власти активно вмешивались в казацкую жизнь и постоянно меняли условия и правила казацкого управления, меняли структуру, уменьшали реестр, отменяли свои же собственные решения.
Из реестровых казаков были образованы полки-округа, центрами которых являлись города. По их названиям полки получали имена. Первой «столицей» реестровых казаков стал Канев. Там находились выбираемый казаками и утверждаемый королем гетман, высшая старшина, реестровая артиллерия, казна и госпиталь. В полковых городах находилась полковая старшина, в местечках располагались полковые сотни.
Казаки имели лошадей, ружья, пистоли, сабли, копья. Оружие поставлялось из Швеции, Польши, Турции. Служащие казаки получали жалованье и одежду, в походах — продовольствие и фураж для лошадей. Обязательная служба длилась до семи лет и потом почти всегда продолжалась добровольно. Добровольцы называли себя товариществом. Товарищи имели преимущества при голосовании, при выходе из службы их часто именовали старшинами. В начале казачества их одежда была простой — рубаха, шаровары, юфтевые сапоги, пояс кафтан. Верхняя одежда состояла из свитки и шапки из овечьего меха с суконным верхом.
Много украинских казаков жило в селениях, по околицам, по хатам, называемым и куренями. Курени управлялись куренными атаманами. Несколько куреней составляли сотню, несколько сотен — повет. Были сотенные и поветовые атаманы. В сотнях и поветах знамена и войсковые знаки хранили хорунжие, наблюдавшие за военной службой. При необходимости они собирали казаков в сборное место — в Батурин, Черкассы, Чигирин, Переяслав, Конотоп, Нежин, Чернигов. На общем сборе войско выбирало походных полковых старшин.