С 1862 по 1877 год серия мусульманских восстаний охватила весь северо-запад Китая, включая провинции Шэньси, Ганьсу и Нинсям. Повстанцы отстаивали "воинствующую, возрожденческую и милленаристскую форму ислама" под названием "Новая секта". Мусульмане, называвшие себя хуэй, были поселены в этих провинциях монголами при династии Юань, которые доверяли им больше, чем ханьцам. Они служили солдатами, разведчиками, мелиораторами, купцами и ремесленниками. Полностью интегрировавшись в китайское общество, они никогда не отказывались от своей исламской веры. Для подавления восстания цинские войска были напряжены до предела, и у них почти не оставалось сил для борьбы с крупным восстанием в Западном Туркестане.
Восстания выявили все проблемы установления контроля над внутренним азиатским пограничьем. Слабость имперской администрации в центре вызвала внутренние восстания, которые распространились на периферию, где этнические и религиозные различия между пограничными народами и правящей элитой, а также между собой усугубляли конфликт. Соперничающие империи - Российская, Британская и Османская - оказались втянуты в конфликт, когда китайцы уступили контроль над провинцией повстанцам.
После первых побед силы повстанцев объединились под руководством Я'куб-бека. Переоценка Я'куб Бега показала его как Надир-шаха последнего времени. Он стремился собрать профессиональную армию и дипломатически маневрировать в сложной международной обстановке. Он оказался квинтэссенцией человека пограничья. Поначалу его отношения с Россией были напряженными. Русское правительство преследовали постоянные опасения, что создание крупного мусульманского государства на внутренних азиатских границах может пойти только на пользу англичанам. Они также были обеспокоены тем, что Я'куббег не нарушит торговые соглашения, которые они заключили с Цин. После того как они заняли Коканд, Россия оказала на него давление, чтобы он скорректировал свои границы в свою пользу. Напряжение нарастало, пока в 1872 году обе стороны не пришли к компромиссному соглашению. Русские признали Я'куб-бека фактическим правителем Кашгара и Урумчи, и он присоединился к торговому договору.
В то же время он вел переговоры с британцами, которые направили миссию для оценки потенциальной угрозы для Индии от российского господства в этом регионе. В 1874 году он подписал с Британией торговый договор, по сути, аналогичный договору с Россией. Главным преимуществом для него была не торговля, а возможность закупать оружие у правительства Индии. Еще раньше он понял, что ему нужен более надежный источник легитимности, чем местное династическое правление, установленное ходжами. Ища защиты у султана-калифа как главы большого мусульманского мира, он отправил в Стамбул своего доверенного советника. Османы могли предоставить ему более надежный и альтернативный источник оружия. Взамен он был готов принять суверенитета султана. Но он также продолжал улучшать свои дипломатические контакты с Россией, работая сначала через Игнатьева в Стамбуле, а затем через фон Кауфмана в Ташкенте.
Китайцы не могли иметь дело с Я'куб Бегом, пока не подавили мусульманские восстания в своих северо-западных провинциях. Одновременный кризис с Японией из-за Формозы вызвал в Пекине бурные дебаты по поводу относительной важности для безопасности страны сухопутной границы с Внутренней Азией и прибрежной границы с Западом. Те, кто считал Синьцзян бесплодной, отдаленной и дорогостоящей колонией, уступили тем, кто опасался, что русское продвижение туда приведет к потере Монголии, что поставит под угрозу столицу. Подавление восстаний в Западном Туркестане подтвердило давнее правило китайской внешней политики, согласно которому защита северных рубежей имела приоритет над защитой морского побережья.
На начальном этапе восстаний внутренняя азиатская граница с Россией была переполнена беженцами, усилились набеги кочевников, а торговля пришла в упадок. В 1871 году русские предложили организовать совместную с китайцами экспедицию для усмирения восставших. Не получив ответа, Милютин в Военном министерстве решил вмешаться в ситуацию в одностороннем порядке, заняв долину реки Или в качестве меры предосторожности, чтобы предотвратить распространение восстания на территории, находящиеся под контролем России. Русские войска оставались там в течение десяти лет.