Основную массу населения Туркестанского края составляли сельские жители. В момент присоединения к России большая их часть вела оседло-земледельческий и полукочевой образ жизни, меньшая – кочевой. Приступая к реформам, царская администрация сознавала, что неправильная постановка и разрешение вопроса о земле могут иметь печальные последствия для судьбы новой власти, и поэтому стремилась проводить аграрную политику, рассчитанную на долгий срок.
В 1873 г. Кауфман предложил правительству, чтобы земли, находившиеся в фактическом пользовании оседлого населения, получили статус частновладельческих – с правом наследования и отчуждения, но при сохранении за государством прерогатив верховного собственника. В объяснительной записке к своему проекту генерал-губернатор так обосновывал свое предложение: земельные отношения при их юридическом оформлении должны, с одной стороны, учитывать традиции общества, в котором центральная власть издавна играла важную роль в организации орошаемого земледелия, с другой – не противоречить принципам политической экономии, выработанным на основе европейского опыта, доказавшего высокую эффективность хозяйственной деятельности частных собственников. Проект Кауфмана был утвержден в 1877 г., но его проведение генерал-губернатор начал ранее. В ходе реализации проекта он стал настоящей земельной реформой: всего поземельно-податные комиссии утвердили в частном владении около 2 млн га орошаемых земель. В целом земельные отношения были реформированы таким образом, что окончательно установилось естественно наметившееся уже ранее преобладание мелкого крестьянского хозяйства, не только свободного от каких-либо повинностей и выкупных платежей (столь отягощавших хозяйство крестьян Центральной России), но и облагаемого вдобавок сравнительно низким налогом. Верховенство прав государства на частновладельческую землю было отменено в 1886 г.
Земельная реформа создала благоприятные условия для экономического развития края. Тому способствовали также прекращение войн и набегов кочевников, массовое оседание последних на земле, проведение ирригационных работ в Голодной степи, внедрение в земледелие новых продовольственных и технических культур, ускоренное развитие товарных отраслей сельского хозяйства (хлопководства, шелководства, виноградарства), а также подключение к огромному всероссийскому рынку. И все это происходило при сохранении традиционной хозяйственной структуры. Как писал Кауфман, «строгие, своеобразно исключительные природные требования приучили туземное население к замечательной энергетической хозяйственной деятельности, отчего весь склад народного экономического быта, опирающийся на хорошо организованный общественный труд, в самом основании своем имеет высокое культурное, прогрессивное направление».
Более осторожно Кауфман действовал при проведении реформы местного самоуправления и суда. В программной речи, произнесенной им в Ташкенте в январе 1868 г., он заявил, что население само должно выбирать своих ближайших начальников, если этим займется русская администрация, то она неизбежно будет совершать ошибки. Что касается сохранения народного суда (в кочевых районах – по адату, племенному праву, в земледельческих – по шариату, мусульманскому праву), то, по словам Кауфмана, он «нужен населению, как согласующийся с его бытом, понятиями и традициями, преждевременная ломка которых может принести более вреда, чем пользы», и потому «должен быть оставлен и на будущее время, с присвоением ему лишь лучшей организации». Разумеется, русские и вообще европейцы не должны были подпадать под его юрисдикцию, зато «туземцы», при согласии обеих тяжущихся сторон, могли обращаться в созданный в Туркестане суд европейского типа.
Сельскому населению действительно было предоставлено право избирать своих аульных и волостных начальников, а также судивших по обычному праву биев и по мусульманскому – казиев. Исключением стал город Ташкент, в котором с 1877 г. существовала городская дума, гласные которой на 2/3 избирались русской частью города, а на 1/3 – азиатской, и аналогично составленная городская управа.
На первый взгляд эти меры означали простое признание правительством старой власти родовых старшин, старост и судей, но теперь это признание было не автоматическим, а через волеизъявление подданных. В сознание людей внедрялась идея выборности должностных лиц, и в кочевых районах это вызвало падение авторитета родовой аристократии. Однако реформа за полтора десятилетия лишь поколебала старую, многовековую систему социальных отношений. По словам российского востоковеда В.В. Бартольда, «ни Кауфману, ни его преемникам не удалось создать такое народное управление, которым бы дорожили сами туземцы».