Фёдор I был мягкий, человеколюбивый, набожный человек, но не царь-самодержец. В помощь ему была создана верховная дума из пяти бояр, власть в ней захватил брат жены царя боярин Борис Годунов, правивший страной от имени Фёдора I все 14 лет его царствования. И надо сказать, правил отменно. Он достаточно успешно проводил политику, установленную ещё Иоанном III. Было продолжено завоевание Сибири, но уже силами регулярного войска стрельцов, построена заградительная цепь крепостей на юге Руси, которая защитила от набегов крымских татар, были восстановлены связи с Европой, поддерживались дипломатические контакты с Литвой, Польшей и Швецией за возвращение русских земель. При этом Борис Годунов отказывался от использования военной силы, стараясь не рассорить православные народы, живущие по разные стороны границы. К сожалению, эта ссора произошла уже после его смерти, в Смутное время, когда пролитая кровь вызвала ненависть между братскими народами Московского и Литовского государств. Этому немало способствовала Польша, ставшая ведущим партнёром в союзе с Литвой.
Борис Годунов провел также важную реформу в народной сфере: в 1592 году был запрещён переход земледельцев от одного хозяина к другому. В то время это считалось нужной мерой, позволявшей избавиться от бродяжничества и повысить ответственность за использование земляных наделов.
Важным событием во время регентства Бориса Годунова стало введение патриаршества на Руси. Необходимость в этом объяснялась тем, что после падения Византии греческие святители не могли противостоять римскому папе, то есть распространению им католичества в православных государствах. С введением патриаршества Москва стала первопрестольным городом, и восточные патриархи предоставили России право самой блюсти христианскую веру на всей её территории (правда, в церковной иерархии место русского патриарха было последним, пятым, после всех восточных православных патриархов: константинопольского, иерусалимского, греческого и антиохийского). Эта инициатива Годунова историками интерпретируется различно, некоторые считают, что Годунов хотел иметь поддержку в своей дальнейшей борьбе за власть в лице патриарха, обязанного ему своим становлением. А бороться Борису Годунову было за что: царь Фёдор I не имел своих наследников.