После медового месяца молодожены поехали в Мадрид, где их ожидал прием у короля, прежде чем отправиться на постоянное жительство в Сеуту. Хотя королеве Франсиско запомнился как «молчаливый и робкий молодой офицер», сам Франко позднее будет утверждать, что во время обеда с королем и пребывавшим в чрезвычайно веселом настроении Примо де Риверой он смело изложил свои сокровенные планы по сохранению и укреплению испанских позиций в Марокко. Действительно ли Франко набрался храбрости, чтобы сделать это, или нет, ясно, что данную проблему он принимал очень близко к сердцу. Одна из его многочисленных статей, которые публиковались в военной газете, была озаглавлена «Пассивность и бездействие». В ней он обличал «пародию на протекторат» и заявлял, что слабость Испании провоцирует волнения среди туземных племен.
В 1924 году, когда Франко вернулся в Сеуту, Абд-аль-Керим называл себя «рифским эмиром», отказывался признавать королевскую власть и пытался добиться признания Лигой Наций независимого марокканского государства. Контролируя небольшую зону вокруг Мелильи, испанцы были заперты в городах Сеута, Тетуан, Лараче и Ксауэн. Слухи о том, что Примо де Ривера рассматривал возможность полного ухода испанцев из Марокко, вызвали массовое дезертирство из марокканских частей, которые не желали в одиночку противостоять мстительным врагам. Однако многие легионеры твердо заявляли, что они останутся на боевых постах, что бы ни произошло. Франко занимал более гибкую позицию. Не желая «светиться» в подстрекательских и мятежных дискуссиях со своими сотоварищами, он тем не менее выступил с гневной публичной речью против намерений оставить Марокко, когда сам диктатор решил посетить испанскую военную базу в 1924 году. Рассуждения Примо по поводу стоимости сохранения и укрепления колонии явно пришлись не по душе многим офицерам. Недовольство бурлило на грани открытого бунта, и Франко, испугавшийся собственной смелости, сразу после собрания устремился вслед за Примо, чтобы извиниться и предложить свою отставку, которая, к его вящему облегчению, была с улыбкой отвергнута.
Тем временем недовольство военных достигло точки кипения, когда в октябре 1924 года Примо передумал оставлять колонию, назначил сам себя верховным комиссаром Марокко и мужественно взял на себя всю ответственность за вывод войск из Ксауэна. Франко же — и это будет линией поведения на всю последующую жизнь — занял две несовместимые позиции, продолжая шарахаться от одной к другой. Громогласно заявив, что скорее уйдет в отставку, чем согласится на отвод испанских войск, он смиренно подчинился приказу Примо прикрыть во главе своих легионеров эвакуацию измученного и деморализованного гражданского населения городка Ксауэн после нового наступления Абд-эль-Керима. Несмотря на огромное нежелание уступить ни пяди земли врагу — эта его черта с особой силой проявится во время гражданской войны, — Франко на протяжении четырех недель с завидным мужеством и умением прикрывал вывод населения из города. За этот подвиг он был награжден еще одной медалью «За боевые заслуги», а в феврале произведен в полковники. В марте 1925 года Примо передал польщенному Франко пламенное свидетельство благодарного короля, заверявшего, что «прекрасная история, которую вы пишете вашими жизнями и кровью, является непреходящим примером того, что могут сотворить настоящие мужчины, жертвующие всем во имя исполнения долга».
В июне 1925 года в результате договоренности между Примо де Риверой и командующим французскими войсками в Африке Филиппом Петеном была проведена совместная войсковая операция, в которой были задействованы семьдесят пять тысяч испанских солдат в Аль-Усемасе под общим командованием генерала Санхурхо. Полковнику Франко поручили командование передовой группой, которая должна была захватить плацдарм. Плохая организация и убогое стратегическое планирование Санхурхо привели к полной неразберихе и хаосу, кульминацией которых стал приказ к отходу испанских войск. Однако Франко, опасаясь, что это приведет к полной деморализации и панике в его частях, немедленно отменил данный приказ и, вопреки всему, сумел захватить и долго удерживать плацдарм. Если бы не его инициативные действия, вряд ли испанским войскам удалось бы встретиться с французами, наступавшими с юга. Потом Франко нервно пытался оправдать свое поведение перед самим собой и перед начальством, цитируя военный устав, позволявший офицерам в определенных условиях игнорировать приказ, но именно тогда он проявил недюжинные воображение и изобретательность боевого командира, которые начисто покинули его, когда он стал верховным главнокомандующим во время гражданской войны. Во многом благодаря усилиям Франко 26 мая 1926 года Абд-аль-Керим сдался французским войскам.