В первые годы после завоевания провинции НОАК действовала осторожно. Территорию второй ВТР, которую в одиночку защищала Национальная армия Или, она оставила и снова оккупировала только в конце 1950 года, включив национальную армию в свой состав. Публичные казни она подкрепляла «политической работой», чтобы привлечь сторонников нового порядка. Сын Османа, Шердиман, скрывался от НОАК еще полтора года, но в конце концов сдался. Его и его последователей поселили в Алтайском округе и выделили им пособие, а Шердиман стал директором животноводческого хозяйства в городе Алтай. Частную торговлю новый режим в основном не трогал и лишь провел скромную земельную реформу, которая включала в себя организацию групп взаимопомощи в среде бедных крестьян с целью в конечном итоге объединить их в кооперативы. Кочевые районы на севере еще меньше ощущали на себе тяжесть нового порядка. Земельная реформа по-настоящему затронула крупных землевладельцев и неотчуждаемую собственность (
Синьцзян оставался под прямым военным управлением до 1954 года. Высшая власть принадлежала Синьцзянскому военному округу, сформированному в декабре 1949 года и командовавшему Первой полевой армией, из чьих кадров в основном набиралось руководство в новые органы власти. Ван Чжэнь, командующий Первой полевой армией, был фактическим правителем провинции. В 1952 году его отозвали в Китай, и его сменил генерал Ван Эньмао, который будет командовать Синьцзянским военным округом и возглавлять Синьцзянский комитет КПК до 1967 года. Военные, в подавляющем большинстве ханьцы, укомплектовали новые органы власти. Несмотря на все потрясения, которые пережил Синьцзян за полтора десятилетия, предшествовавшие его так называемому мирному освобождению, Коммунистическая партия Китая едва ли пользовалась хотя бы малейшей популярностью среди коренного населения региона. Немногочисленные коммунисты-мусульмане в Синьцзяне ориентировались на советскую, а не китайскую коммунистическую партию. Поэтому у КПК не было иного выбора, кроме как привлекать некоммунистов в созданные ею новые органы власти. Бурган Шахиди, последний губернатор Синьцзяна, стал председателем провинциального народного правительства, сформированного 18 декабря 1949 года. Еще один резерв кадров руководство ВТР набрало из числа коренного населения. Сайфутдин Азизи, самый высокопоставленный член ВТР, уцелевший после таинственной авиакатастрофы, стал самым видным мусульманским коммунистом в регионе. Ему предстояло прожить счастливую жизнь и продержаться на своем посту до выхода на пенсию в 1978 году. Однако и Шахиди, и Азизи были по большей части номинальными руководителям: да, они занимали крупные должности на самом верху, но никакой поддержки на более низких уровнях у них не было, потому что местные кадры туда не привлекались. Ханьские чиновники преобладали как в партии, так и в правительстве.