Гласность позволила обсуждать национальный вопрос вне сталинских рамок, которые никуда не делись и в эпоху Брежнева. Исчезла необходимость возносить хвалы русскому старшему брату, бессмертной дружбе народов и идее о том, что царское завоевание было добровольным союзом. И все же бóльшая часть национального дискурса перестройки была пронизана жалобами на неисполненные обещания ленинской национальной политики и призывала к их осуществлению. Политика эта обещала экономическое выравнивание и территориальную автономию титульным национальностям. В действительности же советская экономика была гиперцентрализована и игнорировала национальные различия, а языковые права зачастую существовали лишь формально. Как и в 1917 году, большинство национальных движений стремились не к полной независимости, а к пересмотру своего места внутри Советского государства. Мобилизация вокруг идеи нации не была также и исключительно антироссийским явлением. Ситуация была гораздо сложнее. Многие требования, касающиеся национальных прав, имели своей подоплекой претензии к другим народам. Таджикская интеллигенция вновь подняла вопрос о таджикском меньшинстве в Узбекистане и своих притязаниях на Самарканд и Бухару. Учитывая масштабы смуты, насилия было на удивление мало. В тех немногих случаях, когда конфликты действительно перерастали в насильственные, русские редко оказывались единственной мишенью. В течение этого периода в Центральной Азии произошло три эпизода уличных расправ. В июне 1989 года в небольшом городке Кубасай Ферганской долины вспыхнул ожесточенный конфликт между узбекской молодежью и месхетинцами – турками, которых депортировали в Узбекистан в 1944 году. Согласно оценкам, до вмешательства сил безопасности было убито 57 человек. После этого бóльшую часть месхетинской общины эвакуировали в другие части Советского Союза. Год спустя вспыхнул конфликт между узбекскими и киргизскими земледельцами из-за претензий на землю в колхозе под Ошем. Массовые беспорядки по всему району унесли жизни 300–600 человек. В феврале 1990 года в Душанбе, столице Таджикистана, вспыхнули массовые протесты из-за слухов о том, что армянам, спасающимся от армяно-азербайджанского конфликта в Баку, якобы предоставили приоритетный доступ к жилью в городе. (Жилье было вечным дефицитом, и около 7 % населения города стояло в очереди на получение квартир.) Это были лишь слухи (а число армянских беженцев и вовсе было ничтожным), но они только распалили гнев людей против правительства. Большие толпы людей собрались на главной площади Душанбе, требуя высылки армянских беженцев, отставки правительства Таджикистана, изгнания Коммунистической партии из республики и справедливого распределения прибыли от производства хлопка. Демонстрация снова переросла в беспорядки с применением насилия, однако число погибших составило всего от 15 до 25 человек. Недовольство армянами переросло в нападения на всех европейцев в городе. Несколько армян, в том числе те, кто жил там уже давно, бежали из Душанбе сразу после демонстрации. Национальная идентичность оказывалась вполне реальной причиной для столкновений, однако они не всегда происходили между выходцами из Центральной Азии и русскими.
Политическая мобилизация населения встревожила местную партийную элиту. Ее представители подвергались нападкам со стороны Москвы, а кроме того, с запуском перестройки Москва рассчитывала уменьшить ту роль, которую они играли в местной политике. Несмотря на сопротивление более осторожных коллег, Горбачев провел конкурентные выборы внутри партии, а затем настоял на создании нового законодательного органа – Съезда народных депутатов, который должен был заменить Верховный Совет. Осенью 1988 года он упразднил экономические отделы Центрального комитета, тем самым прекратив партийный надзор за экономикой. К марту 1990 года партия официально уступила свое верховенство в обществе, то есть самопровозглашенную монополию на власть. Для коммунистов Центральной Азии все эти новости были ужасны. Единственным утешением для них служило то, что центр ослабил свою власть над республиками. Коммунистическая партия Советского Союза была федерализована, что предоставило партийным организациям на уровне республик беспрецедентную автономию. В Центральной Азии эта ситуация парадоксальным образом позволила старым партийным элитам захватить новые республиканские законодательные органы, сформированные в ходе выборов 1990 года, и вернуть себе власть.