Законы Российской Империи, обеспечивая статьей 2 тома II свободу веры не только христианам иностранных исповеданий, но и евреям, магометанам и язычникам, устанавливают следующей, 3-й статьей того же тома, что: «Духовные дела христиан иностранных исповеданий и иноверцев ведаются особенными их Духовными Управлениями, Верховною Самодержавною Властью к тому предназначенными. Сии Управления, в исполнении своих дел и должностей, поступают по правилам и уставам своей веры, но с тем вместе неупустительно наблюдают и государственные узаконения, и по долгу верноподданнической присяги охраняют все священные права и преимущества Его Императорского Величества и законы Государства».
Даруя, таким образом, иноверцам не только свободу исповедания, но и сообразное с правилами каждого из них особое управление, Законодатель совершенно определенно ставит вместе с тем устанавливаемым им иноверческим духовным управлениям в обязанность отнюдь не иметь непосредственных сношений с иностранными духовными или иными властями, допуская таковые, в случае необходимости, только через посредство Русского Правительства.
Предусматривая в соответствующих разделах организацию духовного управления не только христиан всех исповеданий и иноверцев, верующих в Единого Бога, но даже буддистов (ламаитов) и язычников , том II Свода Законов не допускает тем самым существования в Империи религий, игнорируемых русскими законами.
По отношению к мусульманству, в частности, том II в ст. 1344 совершенно определенно указывает, каким окружным Управлениям подведомственно магометанское духовенство всех губерний и областей Империи за исключением «Азиатских иноземцев из магометан (бухарских и других), живущих в некоторых городах Западной Сибири без принятия подданства и потому подчиненных в делах духовных общему местному управлению гражданскому и чрез него – Министерству Внутренних Дел».
Установление в законодательном порядке Духовного Управления мусульман относится впервые к 1788 году, современное же законодательство, определяющее порядок его ныне, – сравнительно недавнего происхождения для округа Таврического Духовного Правления 1831—1891 (?) гг., для Оренбургского – 1836—1857 гг., а для Закавказья – установленный впервые в 1872 г. порядок управления духовных дел магометан, весьма отличающийся от предыдущих, утвержден окончательно только в 1853 году.
По точному смыслу вышеупомянутой ст. 1344 магометанское духовенство Туркестанского края должно подчиняться Оренбургскому окружному Управлению, но так как такое подчинение в действительности не выражается, то Его Высокопревосходительство, г. Главный Начальник края, обратив внимание на обнаруженное во время Ферганских беспорядков существование тайных сношений местных мусульман с иностранными руководителями ислама, приказал навести в делах Канцелярии справку о том, каким образом выработался на практике существующий ныне, но совершенно не соответствующий основным законам Империи порядок полного игнорирования духовного быта туркестанских мусульман, и, по получении затребованной справки, вошел к Военному Министру 8 Августа за № 5594 с представлением следующего содержания:
«Расследование происшедших в Ферганской области беспорядков показывает, что дерзкое нападение многочисленного скопища туземцев на лагерь Андижанского гарнизона не составляло проявления единичной деятельности казненного фанатика-ишана. Восстание подготовлялось в обширных размерах и, по предположению его заправил, должно было обнять собою не только всю Фергану, но, может быть, и другие области Туркестана. Доблестный подвиг ничтожного по численности, но сильного духом Андижанского гарнизона спас русское имя от посрамления и пресек восстанию возможность принять гибельные размеры; но самая возможность возникновения подобного заговора показывает, что мирное процветание края в течение последней четверти века не ослабило в местном населении исконного мусульманского изуверства, неустанно возбуждающего фанатиков к священной борьбе с иноверной властью во имя господства ислама.