На основании этой статьи закона мусульманское население вновь занимаемых русскими войсками среднеазиатских областей должно было подчиняться, в духовном отношении, Оренбургскому Духовному Собранию, но вполне естественно, что в период военных действий было не до забот о духовном устройстве вновь присоединенных владений, и потому в первые годы по занятии края Оренбургское Духовное Собрание, по-видимому, почти не проявляло по отношению к нему своей деятельности. Когда же в 1878 году оно, ссылаясь на ст. 1214 (1402 нового издания Уст. Иностр. Испов.) потребовало от Семиреченского Областного Правления сведений о состоянии в области мечетей, школ, численности духовенства и составе приходов, то Военный Губернатор Семиреченской области вошел с представлением к Туркестанскому Генерал-Губернатору о том, должно ли Областное Правление исполнить обращенное к нему требование о доставлении указанных сведений. По докладе этого дела, в связи с другими бывшими случаями вмешательства Оренбургского Духовного Собрания в дела Семиреченских мусульман, Главному Начальнику края Генерал-Адъютант фон Кауфман просил г. Министра Внутренних Дел о воспрещении Оренбургскому Магометанскому Собранию всяких прямых и непосредственных сношений с духовными магометанскими лицами и учреждениями Туркестанского края, так как находил неудобным вмешательство мусульманских духовных учреждений и лиц, как иноземных, так и в России существующих
По отношению этому, 4 Марта 1880 г. за № 893 последовал отзыв г. Министра Внутренних Дел о том, что г. Министром предложено Оренбургскому Духовному Собранию не входить в будущем в какие-либо официальные сношения как с туземцами, так и с магометанскими духовными учреждениями Туркестанского края, обращаясь, в случае надобности, к Военным Губернаторам или уездным Начальникам.
Такое распоряжение Министра Внутренних Дел, в сущности, ничего не отменяло и не изменяло, но на практике его оказалось достаточным, чтобы Оренбургское Духовное Собрание совершенно перестало интересоваться положением мусульманства в Средней Азии, которое, таким образом, действительно оказалось изъятым из ведения мусульманских учреждений, но только русских, а не заграничных… Связь с последними, сильно поколебленная при завоевании края, напротив, значительно укрепилась от этого и даже настолько, что в крае долгое время существовали, а может быть, существует и доныне, не приведенные еще в известность вакуфные имущества, поддерживающие существование рассадников мусульманского фанатизма в Бухаре.
Вместе с тем и оставшееся при введении Русского управления нетронутым мусульманское духовенство – ставленник бухарского духовного главы, всегда признававшее свою зависимость от Стамбула и не обязанное подчинению какому-либо другому органу, – вполне естественным образом стало по-прежнему обращать свои взоры и свои помышления к заграничным мусульманским учреждениям, получая оттуда нравственную поддержку и, так сказать, неофициальную инвеституру, а представители мусульманских духовных орденов, русскими законами не разрешенных, но и не запрещенных, – получают доныне от своих духовных глав, имеющих местопребывание в Бухаре, даже и инвеституру официальную в виде ишанских грамот (хаты-иршад) делающих их наместниками ветвей данного ордена и предоставляющих право, в свою очередь, плодить ишанов в неограниченном количестве и приобретать возможно большее число мюридов.
Вследствие такого же порядка и мусульманские школы, обладающие значительными вакуфными имуществами, продолжают служить только целям узкорелигиозным, внушая своим ученикам понятия, совершено не совместимые с уголовными и гражданскими законами христианской страны. И все это только потому, что в Туркестане нет никакого учреждения, которое могло бы авторитетным образом вступиться в рассмотрение программ преподавания в медресе, как это обязаны делать, в видах государственных, Духовные Управления в Крыму и Закавказье и действиями которых в этом отношении свободно может руководить, при желании, Центральная Власть Империи.
Такие результаты, конечно, диаметрально противоположны благой цели, высказанной Генерал-Адъютантом фон Кауфманом в цитированном Отношении его к Министру Внутренних Дел, но едва ли можно сомневаться, что Устроитель Туркестана, отклоняя зависимость местного населения от оренбургского влияния, конечно, имел в виду дать местному мусульманству известную организацию, более или менее подобную организации мусульман Крыма или Закавказья, которая оградила бы край от влияния мусульманства не только русского, но главным образом иноземного, но, к сожалению, болезнь, а за тем и смерть не дали покойному возможности заполнить пустоту, оказавшуюся по изъятии туркестанского населения из ведения Оренбургского Духовного Собрания.