Таким образом, на Афоне осталась одна большая русская обитель, которая смогла значительно вырасти и укрепиться. В начале 1990-х гг. в Свято-Пантелеимоновский монастырь приехали первые реставраторы из Санкт-Петербурга, которые в 1991 г. начали в обители первоочередные ремонтно-реставрационные работы: провели укрепление конструкций стен, сводов, кровель, штукатурного и красочного слоя на стенах, реставрацию настенной живописи, некоторых икон и консервацию деревянных конструкций ряда иконостасов[724]
. В середине 1990-х гг. начался капительный ремонт ряда полуразрушенных и неиспользовавшихся многие годы сооружений Руссика. Для проведения реставрационных работ в Свято-Пантелеимоновский монастырь прибыла группа квалифицированных специалистов-реставраторов из Санкт-Петербурга, Киева и Владимира, были выделены значительные средства благотворителями России и Украины, а также греческим правительством.Важным свидетельством укрепления связей обители с Россией стало постановление правительства Москвы от 6 августа 1991 г. о передаче в пользование в качестве московского подворья Свято-Пантелеимоновскому монастырю комплекса храма св. вмч. Никиты на Швивой горке за Яузой (ул. Гончарная, д. 6). Устроенное в 1992 г. Московское подворье стало местом, где проходили испытательный срок кандидаты на постоянное проживание в Свято-Пантелеимоновском монастыре[725]
.В первой половине 1990-х гг. начала возрождаться церковная жизнь на Константинопольском подворье Руссика, были частично выселены турецкие арендаторы, проведен ремонт, в связи с чем появилась возможность принимать русских паломников. С назначения постоянного заведующего подворьем возобновились регулярные церковные службы. В 2012 г. в Киеве было устроено Афонское подворье при храме святителя Михаила, первого Митрополита Киевского и всея Руси (ул. Шелковичная, д. 39/1).
Одним из основных послушаний братии Московского, а затем и Киевского подворий стала организация паломнических групп на Афон. Еще в 1993 г. в Салониках и Уранополисе были открыты учреждения, где желающие могли получить разрешение на посещение Святой Горы, что значительно облегчило паломничество из России и других стран. При этом духовенству, в отличие от мирян, требовалось письменное ходатайство от Константинопольского Патриарха. С 1996 г. в Салониках начало действовать консульство Российской Федерации, взявшее под опеку святогорцев-соотечественников.
С конца 1990-х гг. Афон посетил целый ряд известных российских ученых, изучавших историю и духовное наследие Святой Горы. Среди них были академик Г. И. Вздорнов, члены-корреспонденты Российской академии наук Я. Н. Щапов, С. М. Каштанов, профессора Н. Н. Лисовой, Б. Л. Фонкич, М. В. Шкаровский, Г. Г. Литаврин, М. Г. Талалай, Ю. П. Супруненко, директор Центрального государственного архива Москвы В. В. Костыгов, главный специалист Главархива Москвы Д. В. Шмагин и многие другие[726]
. Среди паломников были и известные деятели российской культуры: кинорежиссер и актер Никита Михалков, режиссер Константин Райкин, художники, писатели, в том числе В. Г. Распутин, С. Н. Дмитриев, В. Крупин, П. Рак, А. Холодюк и др.Среди паломников было много видных российских политиков и бизнесменов: губернатор Санкт-Петербурга Г. С. Полтавченко, его заместители — вице-губернаторы В. Кичеджи и И. Дивинский (исполнительный директор «Русского Афонского общества»), губернатор Костромской области И. Слюняев, генеральный прокурор Российской Федерации Ю. Чайка, председатель попечительского совета фонда Андрея Первозванного, глава ОАО «Российские железные дороги» В. Якунин и др.
Особенно часто в 1990–2010-е гг. в Свято-Пантелеимоновский монастырь приезжали паломнические делегации Русской Православной Церкви. Так, например, в июле 1998 г. на празднике св. вмч. Пантелеймона в Руссике побывала официальная делегация Московского Патриархата во главе с архиепископом Челябинским и Златоустовским Иовом. В 2007 г. в Руссик приезжал митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, в дальнейшем посетивший Афон в сане Святейшего Патриарха Московского и всея Руси. В ноябре 2009 г. в составе группы паломников Санкт-Петербургской епархии на Афоне побывал бывший ректор Санкт-Петербургской православной духовной академии, заслуженный профессор протоиерей Владимир Сорокин, а в апреле 2014 г. — нынешний ректор Академии архиепископ Петергофский Амвросий (Ермаков). В 2000–2010-е гг. студенты Санкт-Петербургских духовных школ неоднократно приезжали в Руссик и своим трудом вносили вклад в благоустройство обители.
В октябре 2013 г. Свято-Пантелеимоновский монастырь посетил Святейший Патриарх Константинопольский Варфоломей. 14–16 февраля 2014 г. в монастыре и его скитах Ксилургу и Старом Руссике побывал председатель Отдела внешних церковных связей Московской Патриархии митрополит Волоколамский Иларион (Алфеев).