21 октября 1868 года царь подписал указ о новом положении для киргизов с указанием, что «новое положение высочайше повелено было вводить с 1 января будущаго 1869 года, что оставляло около полутора месяца на предварительныя к тому приготовления» (Середа, VIII, стр. 26). Однако уже в ноябре – декабре 1868 года в степи заработала комиссия по введению положения в жизнь, что позднее было оценено как «первый и самый крупный промах со стороны администрации», ибо поспешность была ничем не оправдана. На руках у комиссии не было ни одной копии положения, только рукописные указания от оренбургской администрации. Киргизы не поверили, что вводимые правила были монаршей волей, и требовали предъявить им типографский документ, потому что «даже и о поимке беглых, укрывающихся в степи, разсылаются по орде печатныя объявления», говорили они (Середа, VIII, стр. 26). Вот и второе разительное сходство с введением нового положения в Уральском казачьем войске.
Так же, как и в УКВ, среди киргизов не было никаких протестов на первом этапе, только вопросы. Не прошло и месяца, как возникли первые затруднения, которые к марту 1869 года переросли в полномасштабный бунт. Причины для возникновения волнений были названы разные. Генерал-губернатор доложил в Петербург, что причинами для восстания были «воры», которые хотят «отстаивать старую жизнь» вопреки собственным интересам, а также «невежество масс, не могущих понять своей пользы, подстрекательства мулл и султанов, терявших своё значение и авторитет со введением нового положения, и всегдашняя готовность к грабежам своего рода «голытьбы», известной под именем «байгушей», из-за куска хлеба готовых на всякую дерзость» (Середа, VIII, стр. 24). Следователи государственной комиссии и исследователи этих событий оставили список других причин: поспешность при введении положения, незнание киргизского языка и обстановки чиновниками, вводившими положение, неразумные пункты нового положения и многие другие, все явившиеся результатом непрофессионализма правительственной комиссии, писавшей положение, оренбургской администрации и Н. А. Крыжановского как руководителя.
Другим сходством с событиями в Уральском казачьем войске были слухи, сопровождавшие введение нового положения, всевозможные «нелепыя толки» о рекрутстве натурою, об обращении киргиз в православие, о чрезмерном увеличении податей, а также атмосфера необыкновенной секретности вокруг всего дела.
Когда начались волнения, Н. А. Крыжановский мгновенно отрапортовал о бунте и выпросил разрешение на подавление бунта силами войск, которое было дано сразу же, и предварительный карательный отряд был выслан сразу же. Вот и ещё одно сходство с событиями в УКВ. «Усмиритель» киргизов Байдаков проявил себя такими «пьянством и всякими безобразиями» во время карательной экспедиции, что на него было заведено уголовное дело, несмотря на ожесточённое сопротивление Крыжановского, и Байдаков получил срок в Сибири за преступления, совершенные во время «боевых действий» в киргизской степи (Чернов, стр. 233). Пока Байдаков «наводил порядок», наказной атаман УКВ Н. А. Верёвкин собирал войска для полномасштабной экспедиции против киргизов.
Выступление войск задерживалось, потому что передвижение по степи возможно было только с полным набором воды, фуража и провианта в обозе. Ничего этого не было, и Крыжановский ломал голову, где бы найти верблюдов и сухари для войны с киргизами, потому что его собственное интендантство отказалось от снабжения войска сухарями на том основании, что их не предупредили заранее, и Крыжановский собирал сухари с населения, которое пекло и сушило их для армии на благотворительных началах (Середа, VIII, стр. 36). За это время начались набеги киргизских шаек на прилинейные населённые пункты, откуда киргизы угоняли скот. Особенно тяжёлой оказалась ситуация в районе Илецкой защиты. Только к концу апреля 1869 года армия была подготовлена к походу.
Судя по рапортам Н. А. Крыжановского, Н. А. Верёвкин и Юровский, вице-губернатор Тургайской области, и их военные отряды проявили доблесть в войне с киргизами. По тем же отчётам, киргизские войска достигали 20 тысяч человек, чьему «горячему натиску» противостояли два отряда правительственных войск. Однако в рапортах указываются только незначительные потери войск в результате киргизских атак: 4 человека убитыми, 5 человек ранеными и 13 телег с овсом и сухарями, и лишь одна из смертей описана подробно; это гибель хорунжего Уральского казачьего войска И. С. Бородина и одного из его спутников-киргизов, верных правительству, «изрубленных на куски» после взятия в плен восставшими киргизами (Середа, Х, стр. 68).