Из шведского лагеря гетман написал письмо Скоропадскому, стародубскому полковнику, разъясняя причины своего перехода и приглашая старшину и казаков последовать его примеру.
К шведам, кроме трехтысячного отряда Мазепы, позднее присоединилась часть запорожского войска под началом кошевого атамана Константина Гордиенко в количестве до 7 тысяч человек.
По приказу царя Петра І Запорожская Сечь была уничтожена. Могилы ранее похороненых запорожцев были осквернены российскими войсками.
Самое интересное заключается в том, что незадолго до этого сам Мазепа предлагал царю уничтожить Сечь «несколькими десятками бомб». Но случилось так, что Сечь была уничтожена российскими войсками именно тогда, когда часть запорожцев под предводительством Гордеенко поддержала Мазепу.
Карлу XII Мазепа обещал зимовку в городе Батурине, служившем резиденцией гетмана. Там были значительные запасы провианта и артиллерии, имелся хорошо подготовленный и преданный Мазепе гарнизон, которым руководил полковник Дмитрий Чечель.
Планам Мазепы и Карла помешали войска под водительством Меншикова, взявшие крепость и все припасы в нём за несколько часов. Батурин был разорён, а гарнизон сердюков уничтожен.
«Во время перехода под Гадяч, спровоцированного русскими, шведам пришлось выйти из теплых хат на лютый мороз. Более ста шведских солдат отморозили себе руки и ноги, несколько десятков погибло. Раздраженный Карл в начале января бросил свои войска на Веприк, не желавший пускать шведов. После ожесточенной обороны, когда порох кончился, город сдался. Шведская армия потеряла около двух тысяч человек и множество офицеров. Пленных отдали Мазепе, который приказал посадить их в яму». Солдаты российской армии, как военнопленные, принадлежали Карлу, который обращался с ними лучше.
После этого Карл взял Зеньков, Опошню и Лебедин. Местечки сопротивления не оказывали. В основном они стояли пустые. Карл распорядился их грабить, дома жечь, жителей убивать.
В конце января был предпринят поход на Слободскую Украину, в результате которого еще десятки сел и местечек были уничтожены.
Такие действия шведов спровоцировали начало партизанской войны, которую вели, прежде всего, крестьяне и которая делала положение Карла еще более тяжелым.
Судя по всему, Карл XII доверял Мазепе и 8 апреля 1709 года заключил с ним формальный договор, в котором даровал Мазепе пожизненное звание «законный князь Украины».
Мазепа обещал передать Карлу XII «на время войны и опасностей» города Стародуб, Малин, Батурин, Полтаву, Гадяч. Так накануне своего разгрома, Карл и Мазепа делили Россию.
«Все, — говорил гетман, — что завоюется из бывшей территории Московщины, будет принадлежать на основании военного права тому, кто этим завладеет».
Тем не менее, после своего перехода к шведам Мазепа быстро осознал свою роковую ошибку. Покинутый своими полковниками, предвидя разгром шведов, он безуспешно пытался предложить Петру І предать в его руки шведского короля и его генералов.
Так, в конце ноября 1708 года миргородский полковник, будущий гетман Д. Апостол, один из самых близких Мазепе людей, прибыл с этим предложением к Петру.
Следом с письмами Мазепы приехали Шишкевич, цирюльник Войнаровского, и полковник Галаган. Было даже заключено соглашение с гарантиями безопасности Мазепе, но тем всё и кончилось. Мазепа не был нужен окружению Петра. Царь более не доверял Мазепе.
6 ноября 1708 года царь Пётр на раде в Глухове повелел избрать нового гетмана. Согласно желанию Петра, был избран Иван Ильич Скоропадский.
12 ноября 1708 года в Троицком соборе Глухова в присутствии Петра I митрополит Киевский Иоасаф совершил литургию и молебен, после чего «предал вечному проклятию Мазепу и его приверженцев».
В тот же день в Глухове была совершена символическая казнь бывшего гетмана, которая описывается следующим образом: «вынесли на площадь набитую чучелу Мазепы. С высокой трибуны был зачитан приговор о его преступлении и казни, после чего Меншикови разорвал жалованные предателю грамоты на гетманский уряд, чин действительного тайного советника и орден святого апостола Андрея Первозванного и снята с чучелы лента».
«Потом, — писал соверменник, — бросили палачу сие изображение изменника; все попирали оное ногами, и палач тащил чучелу на веревке по улицам и площадям городским до места казни, где и повесил».
12 ноября того же года в Успенском соборе Москвы Местоблюститель Московского Патриаршего престола митрополит Рязанский и Муромский Стефан совершил благодарственный молебен в связи с избранием в гетманы Скоропадского, после чего обратился к сослужащим архиереям.
— Мы, — сказал он, — собранные во имя Господа Иисуса Христа, и имеющие подобно святым апостолам, от самого Бога власть вязати и решити, аще кого свяжем на земли, связан будет и на небеси, возгласим: изменник Мазепа, за крестопреступление и за измену к великому государю, буди анафема!
Именно тогда, по поручению Петра І, и был изготовлен Орден Иуды.