Вирусы. Драйверы эволюции. Друзья или враги?

В одном недавно проведенном исследовании Бар с коллегами (2012) опубликовали подробный анализ трех ВИЧ-инфицированных пациентов, у которых произошло изменение серологических показателей. Чувствительная методика секвенирования позволила авторам исследовать последовательности индивидуального генома самого первого вируса, которым был инфицирован каждый больной; опираясь на эти данные, авторы смогли вывести последовательность вирусного генома, который передавался между этими пациентами. Имея на руках эту информацию, авторы секвенировали индивидуальные вирусные геномы возникающих квазивидов, находящихся под давлением иммунологического отбора. В течение двух недель с момента изменения серологических показателей у пациентов были обнаружены нейтрализующие антитела. Это был относительно слабый первичный антительный ответ, но эти антитела быстро отреагировали на появление избегающих мутаций в гене env. Детальная характеристика избегающих мутантных геномов у каждого больного показала, что существует целый набор различных путей ухода от иммунного ответа в последовательностях env. У одного больного иммунное избегание возникло вследствие мутаций в иммунодоминантной петле V3; у второго пациента наблюдали множественные мутации в домене V2, многие из которых касались гликозилирования белка; мутации у третьего больного происходили в наружном домене белка env. Ученые особо отметили очень быструю эволюцию мутаций иммунного избегания, несмотря на слабость давления первичного иммунного ответа. Это служит иллюстрацией того, что большая численность популяции, быстрота цикла репликации вирусов и оборот популяции вирусов могут использовать даже слабое давление отбора для оптимизации генома ВИЧ.